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GPCRdb数据存储库 该存储库是GPCRdb的参考数据（源数据）的收集点。 有关更多信息，请参阅我们的。

Bioinformatics Programming Using Python.pdf

hadoop_for_bioinformatics 面向生物信息学家的 hadoop 101 教程

Bioinformatics algorithms : techniques and applications

用于化合物和蛋白质建模的深度学习库DTI，药物特性，PPI，DDI，蛋白质功能预测 在药物再利用，虚拟筛选，QSAR，副作用预测等方面的应用 该存储库托管DeepPurpose，DeepPurpose是一个基于深度学习的分子建模和预测工具包，可用于药物-目标相互作用预测，化合物特性预测，蛋白质-蛋白质相互作用预测和蛋白质功能预测（使用PyTorch）。 我们专注于DTI及其在药物再利用和虚拟筛选中的应用，但支持其他各种分子编码任务。 它允许非常简单的用法（仅几行代码），以促进用于生命科学研究的深度学习。 消息！ [05/21] 0.1.2支持5种新的基于图神经网络的复合编码模型（DGL_GCN，DGL_NeuralFP，DGL_GIN_AttrMasking，DGL_GIN_ContextPred，DGL_AttentiveFP），使用！ 提供一个例子！ [12/20] TDC数据

火山3D volcano3D软件包可用于探索三组之间差异表达的探针。 其主要目的是在三维火山图中可视化差异表达的基因。 这些图可以使用图转换为交互式可视化。 该插图探讨了PEAC类风湿关节炎试验（早期关节炎队列的病理生物学）中的案例研究。 该方法已经发表在 和可在获得的交互式Web工具。 该工具可作为可搜索界面，以检查各个滑膜和血液基因转录水平与组织学，临床和放射学参数以及6个月时的临床React之间的关系。 交互式界面允许探索基因模块分析中模块与临床参数之间的关系。 PEAC交互式Web工具正在作为创建，并使用服务器部署到Web。 也有补充说明，以获取有关以下方面的更多信息： 入门 先决条件 从CRAN安装 install.packages("volcano3D") 从Github安装 library(devtools) install_github("KatrionaG

背景 epitopepredict提供了用于执行多种表位预测方法的标准化程序界面和命令行工具。 当前，这主要由几个MHC结合预测的接口组成，然后可以以一致的方式处理和可视化其结果。 有一种用于MHC I类预测的内置方法，并且提供了TEPITOPEPan方法作为针对MHC II类的“内置”方法。 IEDB工具和netMHCpan，netMHCIIpan和MHCFlurry也受支持。 这些工具可免费用于学术用途，但必须单独安装。 该软件可在大多数linux系统上运行。 文档位于 安装 当前的版本： pip install epitopepredict 或github上的最新版本： pip install -e git+https://github.com/dmnfarrell/epitopepredict.git#egg=epitopepredict

艾伦SDK 该存储库包含用于处理和分析中的数据的代码。 请访问了解更多信息。 我们欢迎您的贡献！ 请参阅此处的。 有关请参见此处。 如果您对AllenSDK有更多一般性问题或意见，请将其发布到。

介绍 Seqtk是一种快速轻巧的工具，用于处理FASTA或FASTQ格式的序列。 它可以无缝解析FASTA和FASTQ文件，也可以选择使用gzip对其进行压缩。 要安装seqtk ， git clone https://github.com/lh3/seqtk.git ; cd seqtk ; make 唯一的库依赖项是zlib。 Seqtk示例 将FASTQ转换为FASTA： seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa 将ILLUMINA 1.3+ FASTQ转换为FASTA并将质量低于20的碱基蒙版转换为小写字母（第一个命令行）或N （第二个）： seqtk seq -aQ64 -q20 in.fq > out.fa seqtk seq -aQ64 -q20 -n N in.fq > out.fa 折叠长的FASTA / Q线并删除FASTA / Q注