平衡计分卡2 BCALM 2是一种生物信息学工具，用于根据测序数据构建压缩的de Bruijn图。 该存储库是BCALM软件的新并行版本。 它使用的是新算法，并使用库实现。 BCALM（版本1）的原始单线程代码仍可在以下位置获得： : 用法 阅读下面的说明进行编译，然后： ./bcalm -in [reads.fa] -kmer-size [kmer_size] -abundance-min [abundance_threshold] 例如 ./bcalm -in reads.fastq -kmer-size 21 -abundance-min 2 重要参数为： -kmer-size [int] k-mer大小，即de Bruijn图的节点长度。 -abundance-min [int] 设置阈值X，在此阈值以下，滤除（严格地）在数据集中少于X次的k-mers； 即通常

一种高效的debruijn有向图路由算法.doc

通过由一个n级deBruijn序列找出它的LOOK-UP表标签,并由该LOOK-UP表标签经修正找出n-1级LOOK-UP表标签,再由它计算出n-1级deBruijn序列,从而建立起n级deBruijn序列到n-1级deBruijn序列的映射,发现deBruijn序列间的一种内在联系,导出一类任意元deBruijn序列的降级算法。

提出一种生成de Bruijn序列的升级算法。该算法根据给定的n级de Bruijn序列查寻表标签,采用合成的方法构造出n+1级de Bruijn序列的查寻表标签,从而产生n+1级de Bruijn序列。实验结果表明,该算法是有效的。