平衡计分卡2
BCALM 2是一种生物信息学工具,用于根据测序数据构建压缩的de Bruijn图。
该存储库是BCALM软件的新并行版本。 它使用的是新算法,并使用库实现。 BCALM(版本1)的原始单线程代码仍可在以下位置获得: :
用法
阅读下面的说明进行编译,然后:
./bcalm -in [reads.fa] -kmer-size [kmer_size] -abundance-min [abundance_threshold]
例如
./bcalm -in reads.fastq -kmer-size 21 -abundance-min 2
重要参数为:
-kmer-size [int]
k-mer大小,即de Bruijn图的节点长度。
-abundance-min [int]
设置阈值X,在此阈值以下,滤除(严格地)在数据集中少于X次的k-mers; 即通常
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