PROPKA 3 PROPKA基于3D结构预测蛋白质（3.0版）和蛋白质-配体复合物（3.1版及更高版本）中可电离基团的pKa值。 对于没有配体的蛋白质，两种形式均应产生相同的结果。 下面的论文中描述了该方法，您应该在出版物中引用这些方法： Sondergaard，Chresten R.，Mats HM Olsson，Michal Rostkowski和Jan H.Jensen。 “在经验计算和pKa值合理化中改进了配体的处理和耦合效应。” 化学理论与计算杂志7，第。 7（2011）：2284-2295。 doi： Olsson，Mats HM，Chresten R.Sondergaard，Michal Rostkowski和Jan H.Jensen。 “ PROPKA3：在经验性pKa预测中对内部和表面残留物的一致处理。” 化学理论与计算杂志7，第。 2（2011）：525-

理想的支架材料可对组织器官病损进行形态,结构和功能进行重建,因此在组织工程领域受到广泛关注.天然生物材料理论和技术的迅速发展,使其逐渐成为再生医学领域的研究热点.天然生物材料具有高仿生性和良好的生物相容性,且来源广泛,非常适合用作组织工程的支架材料.按成分和原料来源大致分为蛋白质类生物材料(胶原,明胶,丝素和纤维蛋白),糖类生物材料(纤维素,几丁质/壳聚糖,海藻酸盐和琼脂糖),糖胺聚糖类(透明质酸,硫酸软骨素)和脱细胞基质移植物(羊膜,小肠黏膜下层,肌腱).不同的支架材料具有独特的天然结构和理化性质.蛋白质类生物材料多通过聚合形成网状结构影响细胞迁移分化,且有一定的机械性能,可单独制成支架或配合其他合成材料使用;糖类生物材料因高比表面积可负载大量液体,但其机械性能较差,因此常被以凝胶形式控释细胞和生长因子配合其他材料应用在肌腱组织工程中;糖胺聚糖类生物材料具有抗炎,黏弹润滑以及高水合特性,多配合合成材料增加其生物相容性和亲水性.相比天然高分子材料,脱细胞基质不但具有更相仿的细胞外结构和营养成分,而且具有一定的机械性能,可对组织器官病损进行更好的形态,结构和功能重建,因此在组织工程中越来越被受到重视.不同材料的巧妙组合,使肌腱修复展现出更好的效果,也使天然生物材料具有更广阔的临床前景和应用价值.

PyPDB 使用RCSB蛋白质数据库（PDB）执行搜索的Python 3工具箱。 这可用于对符合各种条件的PDB ID执行高级搜索，以及查找与特定PDB ID相关的信息。 该工具允许在Python脚本中执行可以在PDB网站中执行的标准操作（BLAST，PFAM查找等）。 每个函数及其相关输出的示例可以在找到。 如果您将此模块用于任何已发表的作品，请考虑引用随附的论文 Gilpin, W. "PyPDB: A Python API for the Protein Data Bank." Bioinformatics, Oxford Journals, 2015. 截至2020年11月，为了适应RCSB PDB API的更改并扩展功能，pypdb正在进行大量重构。 对于此过程中发生的任何重大变化，我们深表歉意。 pypdb的先前版本可； 但是，它将不再对更改的RCSB API起

基于蛋白质相互作用的药物敏感性预测模型，张乃千，，综合利用多种基因组学数据预测抗癌药物的敏感性，以指导临床用药是精准医疗的核心目标之一。目前，针对药物敏感性预测问题的研究

遗传算法（2D-HP 蛋白质折叠） 为 2D-HP 蛋白质折叠模型开发的遗传算法。 该应用程序将创建初始构象（蛋白质折叠），然后应用选择，突变和交叉。 安装 该存储库包含一个 Visual Studio 2013 项目，该项目包括所有依赖项并且可以立即运行。 一般概念 一个构象包含元素 元素是亲水的还是不是 元素相对于构象的位置 元素的方向指向后继位置（左，右，直） 选拔 支持以下选择方法： 健身比例 基于概率的锦标赛 单淘汰赛 “最佳胜利”锦标赛 可以指定锦标赛大小（构象数量）。 记录中 该算法自动记录一个runthrough到average.txt其包含一个人口每一代的平均能量文件。 这可以用于生成如下图（平均垂直能量，水平生成数）： 此外，还提供了testTournaments和testRates函数，它们都使用一组参数，对算法进行一次运行。 然后他们稍微更改参数并进行另一次运

蛋白质组学（生物信息学的概念及其发展历史）.ppt

GaussDCA.jl：用于蛋白质家族中残基接触预测的多元高斯直接耦合分析-Julia模块

MSFragger MSFragger是用于基于质谱的蛋白质组学中肽段鉴定的超快速数据库搜索工具。 它在各种数据集和应用程序中均表现出出色的性能。 MSFragger适用于标准shot弹枪蛋白质组学分析以及大型数据集（包括timsTOF PASEF数据），酶无限制搜索（例如肽组），“开放式”数据库搜索（即前体质量耐受性设置为数百道尔顿），用于鉴定修饰的肽， MSFragger Glyco模式鉴定糖肽（N链和O链）。 MSFragger用跨平台的Java编程语言实现，可以使用三种不同的方式： 使用 GUI（图形用户界面）。 通过 作为独立的Java可执行文件（JAR） MSFragger以表格或pepXML格式编写输出，使其与下游数据分析管道（如跨蛋白质组学管道和完全兼容。 请参阅，包括的列表。 示例参数文件可在找到。 支持的乐器和文件格式 mzML / mzXML ：可以使用来

“开发图形用户界面，用于描述批处理或填充柱中的蛋白质吸附过程作为教育工具” 蛋白质吸附现象的分析、理解和描述对于生物技术行业很重要，因为它是生物分子分离和后续纯化的选择性方法。 因此，已经建立了描述这些过程的数学模型，这些模型基于不同的问题，例如质量守恒、界面平衡定律和吸附动力学表达式。 蛋白质吸附现象发生在它溶解的液相，直到它随着时间的推移转移到固相，固相通常是球形的、高度多Kong的吸附剂，在那里发现配体或吸附位点。 无论配体与蛋白质之间存在哪种相互作用，吸附过程通常都涉及一种或多种溶质传质阻力的存在。 这些电阻是吸附过程描述的核心。 根据存在的阻力，蛋白质吸附的数学描述将涉及求解常微分方程或偏微分方程。 考虑到非线性吸附等温线，有间歇搅拌釜吸附系统或固定床填料塔。 该等温线代表液相和固相（吸附剂）之间存在的平衡浓度的比率。 由于等温线的非线性特性，蛋白质吸附过程的数学描述需要使用数值

ProLIF 文献资料 讲解 CI 聚酰亚胺 执照 描述 ProLIF（蛋白质-配体相互作用指纹图谱）是一种工具，用于生成用于从分子动力学轨迹和对接模拟中提取的蛋白质-配体和蛋白质-蛋白质相互作用的相互作用指纹。 它还支持DNA配体，DNA蛋白质和DNA-DNA相互作用。 您可以在上进行任何安装之前尝试一下。 文献资料 可在在线找到安装说明，文档和教程。 问题 如果发现错误，请在页面上打开一个问题。 讨论 如果您对如何使用ProLIF有疑问，或者想提供反馈或分享想法和新功能，请前往页面。 引用ProLIF 请参考文档上的。 执照 除非另有说明，否则此目录和所有子目录中的所有文件均根据Apache License 2.0版分发 Copyright 2017-2021 Cédric BOUYSSET Licensed under the Apache License, Versi