MSFragger MSFragger是用于基于质谱的蛋白质组学中肽段鉴定的超快速数据库搜索工具。 它在各种数据集和应用程序中均表现出出色的性能。 MSFragger适用于标准shot弹枪蛋白质组学分析以及大型数据集（包括timsTOF PASEF数据），酶无限制搜索（例如肽组），“开放式”数据库搜索（即前体质量耐受性设置为数百道尔顿），用于鉴定修饰的肽， MSFragger Glyco模式鉴定糖肽（N链和O链）。 MSFragger用跨平台的Java编程语言实现，可以使用三种不同的方式： 使用 GUI（图形用户界面）。 通过 作为独立的Java可执行文件（JAR） MSFragger以表格或pepXML格式编写输出，使其与下游数据分析管道（如跨蛋白质组学管道和完全兼容。 请参阅，包括的列表。 示例参数文件可在找到。 支持的乐器和文件格式 mzML / mzXML ：可以使用来