OpenMM：高性能分子动力学库 介绍 是用于分子模拟的工具包。 它既可以用作运行模拟的独立应用程序，也可以用作您从自己的代码调用的库。 它提供了极大的灵活性（通过定制力量和集成商），开放性和高性能（尤其是在最近的GPU上），这些特性使其在仿真代码中真正独一无二。 获得帮助 需要帮忙？ 查看和。

聚类轨迹 该Python脚本接收分子动力学或Monte Carlo轨迹（.pdb，.xyz或OpenBabel支持的任何格式），使用Kabsch算法找到结构之间的最小RMSD，并执行聚集聚类（一种无监督的机器学习），以对相似的构象进行分类。 该脚本是在考虑到Python 3的情况下开发的，但是，鉴于所有库均可用，它也应在Python 2.7中工作。 脚本要做的是计算轨迹的每个配置之间的距离（使用最小RMSD），建立一个距离矩阵（以压缩形式存储）。 请注意，计算距离矩阵可能需要一些时间，具体取决于您的轨迹多长时间以及每种配置中有多少原子。 距离矩阵也可以从文件中读取（使用-i选项），以避免每次您要更改链接方法（使用-m ）或聚类的距离时重新计算该距离矩阵。 依存关系 该实现依赖于几个库，因此在运行脚本之前，请确保已在Python发行版中安装了所有库。 当前，需要以下库： 我们建议使用 P

分子建模与模拟导论10 分子动力学（Molecular Dynamics，MD）算法 .pdf

对称梯度域机器学习（sGDML） 有关更多详细信息，请访问： : 可以在这里找到文档： : 要求： Python 3.7以上 NumPy（> = 1.19） 科学（> = 1.1） 可选的： PyTorch（用于GPU加速） ASE（> = 3.16.2）（运行原子模拟） 入门 稳定释放 大多数系统pip预先安装了针对Python pip的默认软件包管理器。 只需调用以下sgdml即可安装sgdml ： $ pip install sgdml sgdml命令行界面和相应的Python API现在可以在系统上的任何位置使用。 开发版 （1）克隆存储库 $ git clone https://github.com/stefanch/sGDML.git $ cd sGDML ...或更新您现有的本地副本 $ git pull origin master （2）安装 $ pi

GPUMD 什么是GPUMD ？ GPUMD代表图形处理单元分子动力学。它是在图形处理单元（GPU）上完全实现的通用分子动力学（MD）代码。 通过使用GPU [1]，可以大大提高对多体势的力评估[1]，这要归功于参考文献中得出的一组简单的力，病毒应力和热流表达式。 [2，3]。 除了高效之外，GPUMD的另一个独特功能是它具有研究热传输的有用工具[2，3，4，5]。 先决条件 您需要具有计算能力不低于3.5的GPU卡以及不低于CUDA 9.0的CUDA工具包。 适用于Linux（带有GCC）和Windows（带有MSVC）操作系统。 编译GPUMD 转到src目录，然后输入make 。编译完成后，将在src目录中生成两个可执行文件gpumd和phonon 。 运行GPUMD 转到目录src 。 键入src/gpumd < examples/input_gpumd.txt来运行exampl

呼叫者 关于 ProtoCaller是一个Python库，可实现GROMACS中相对蛋白质-配体结合自由能计算的受控自动化。 ProtoCaller使用多种工具来自动化自由能计算过程，例如：Biopython，BioSimSpace，CHARMM-GUI，（可选）Modeller，Open Babel，ParmEd，PDB2PQR，pdbfixer，RDKit。 ProtoCaller可以在Linux和macOS上运行。 安装简便，可通过Conda执行。 请检查其他部分以获取更多信息。 安装 该程序包通过Conda分发。 要安装它，请运行以下命令： conda install -c conda-forge -c omnia -c michellab -c essexlab protocaller 可以使用以下命令安装开发版本（请谨慎使用）： conda install -c con

分子动力学模拟最为经典的一本书。 Contents: 1 Introduction 1 1.1 Historical background 1 1.2 Computer simulation 2 1.3 Molecular dynamics 4 1.4 Organization 8 1.5 Further reading 10 2 Basic molecular dynamics 11 2.1 Introduction 11 2.2 Soft-disk fluid 11 2.3 Methodology 18 2.4 Programming 20 2.5 Results 34 2.6 Further study 43 3 Simulating simple systems 44 3.1 Introduction 44 3.2 Equations of motion 44 3.3 Potential functions 46 3.4 Interaction computations 49 3.5 Integration methods 60 3.6 Initial state 67 3.7 Performance measurements 74 3.8 Trajectory sensitivity 77 3.9 Further study 82 v vi Contents 4 Equilibrium properties of simple fluids 83 4.1 Introduction 83 4.2 Thermodynamic measurements 84 4.3 Structure 90 4.4 Packing studies 96 4.5 Cluster analysis 112 4.6 Further study 118 5 Dynamical properties of simple fluids 120 5.1 Introduction 120 5.2 Transport coefficients 120 5.3 Measuring transport coefficients 124 5.4 Space–time correlation functions 134 5.5 Measurements 145 5.6 Further study 152 6 Alternative ensembles 153 6.1 Introduction 153 6.2 Feedback methods 154 6.3 Constraint methods 165 6.4 Further study 174 7 Nonequilibrium dynamics 176 7.1 Introduction 176 7.2 Homogeneous and inhomogeneous systems 176 7.3 Direct measurement 177 7.4 Modified dynamics 188 7.5 Further study 198 8 Rigid molecules 199 8.1 Introduction 199 8.2 Dynamics 200 8.3 Molecular construction 216 8.4 Measurements 222 8.5 Rotation matrix representation 232 8.6 Further study 243 9 Flexible molecules 245 9.1 Introduction 245 9.2 Description of molecule 245 9.3 Implementation details 247 9.4 Properties 251 9.5 Modeling structure formation 256 Contents vii 9.6 Surfactant models 257 9.7 Surfactant behavior 262 9.8 Further study 266 10 Geometrically constrained molecules 267 10.1 Introduction 267 10.2 Geometric constraints 267 10.3 Solving the constraint problem 270 10.4 Internal forces 278 10.5 Implementation details 286 10.6 Measurements 291 10.7 Further study 294 11 Internal coordinates 296 11.1 Introd

Numerical Simulation in Molecular Dynamics 2007

这些是LAMMPS主页的html文件

ProLIF 文献资料 讲解 CI 聚酰亚胺 执照 描述 ProLIF（蛋白质-配体相互作用指纹图谱）是一种工具，用于生成用于从分子动力学轨迹和对接模拟中提取的蛋白质-配体和蛋白质-蛋白质相互作用的相互作用指纹。 它还支持DNA配体，DNA蛋白质和DNA-DNA相互作用。 您可以在上进行任何安装之前尝试一下。 文献资料 可在在线找到安装说明，文档和教程。 问题 如果发现错误，请在页面上打开一个问题。 讨论 如果您对如何使用ProLIF有疑问，或者想提供反馈或分享想法和新功能，请前往页面。 引用ProLIF 请参考文档上的。 执照 除非另有说明，否则此目录和所有子目录中的所有文件均根据Apache License 2.0版分发 Copyright 2017-2021 Cédric BOUYSSET Licensed under the Apache License, Versi