propka:PROPKA基于3D结构预测蛋白质和蛋白质-配体复合物中可电离基团的pKa值-源码

PROPKA 3 PROPKA基于3D结构预测蛋白质（3.0版）和蛋白质-配体复合物（3.1版及更高版本）中可电离基团的pKa值。 对于没有配体的蛋白质，两种形式均应产生相同的结果。 下面的论文中描述了该方法，您应该在出版物中引用这些方法： Sondergaard，Chresten R.，Mats HM Olsson，Michal Rostkowski和Jan H.Jensen。 “在经验计算和pKa值合理化中改进了配体的处理和耦合效应。” 化学理论与计算杂志7，第。 7（2011）：2284-2295。 doi： Olsson，Mats HM，Chresten R.Sondergaard，Michal Rostkowski和Jan H.Jensen。 “ PROPKA3：在经验性pKa预测中对内部和表面残留物的一致处理。” 化学理论与计算杂志7，第。 2（2011）：525-