csp基准
这是对进行基准测试的。 Cellsnp-lite在C中实现,并执行每个细胞的基因分型,同时支持给定SNP的(模式1)和不(模式2)。 在后一种情况下,将自动检测杂合SNP。 Cellsnp-lite适用于基于液滴的(例如10x Genomics数据)和基于Kong的平台(例如SMART-seq2数据)。 有关这四个选项的摘要以及每种模式下的示例替代方法,请参见表1。
表格1
模式
单核苷酸多态性
Bam文件
平台
选择
模式1a
给定
汇集一
水滴
VarTrix
模式1b
给定
每个单元格
智能序列
BCFtools mpileup
模式2a
检测
汇集一
水滴
不适用
模式2b
检测
每个单元格
智能序列
Freebayes
如何使用
此仓库包含dir 六个,每个用于特定的基准测试任务。 提供了包装器脚本 ,使运行单个任务更加容易。
要使用存储库,请先将其
2021-10-04 10:10:37
1.69MB
Shell
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