csp-benchmark:细胞基准测试-源码

csp基准 这是对进行基准测试的。 Cellsnp-lite在C中实现，并执行每个细胞的基因分型，同时支持给定SNP的（模式1）和不（模式2）。 在后一种情况下，将自动检测杂合SNP。 Cellsnp-lite适用于基于液滴的（例如10x Genomics数据）和基于Kong的平台（例如SMART-seq2数据）。 有关这四个选项的摘要以及每种模式下的示例替代方法，请参见表1。 表格1 模式 单核苷酸多态性 Bam文件 平台 选择 模式1a 给定 汇集一 水滴 VarTrix 模式1b 给定 每个单元格 智能序列 BCFtools mpileup 模式2a 检测 汇集一 水滴 不适用 模式2b 检测 每个单元格 智能序列 Freebayes 如何使用 此仓库包含dir 六个，每个用于特定的基准测试任务。 提供了包装器脚本 ，使运行单个任务更加容易。 要使用存储库，请先将其