蛇管 snakePipes是使用构建的灵活而强大的工作流程，可简化NGS数据的分析。 可用的工作流程 DNA映射* 芯片序列* mRNA序列* 非编码RNA-seq * ATAC序列* 核糖核酸序列 嗝 全基因组亚硫酸氢盐Seq / WGBS （*在“等位基因特定”模式下也可用） 安装 Snakepipes使用conda进行安装和相关性解析，因此您需要先 。 之后，只需运行以下命令： conda create -n snakePipes -c mpi-ie -c bioconda -c conda-forge snakePipes 这将创建一个新的conda环境，称为“ snakePipes”，其中安装了snakePipes。 然后，您将需要创建各种工作流程所需的conda环境。 为方便起见，我们提供了snakePipes命令： conda activate snak

简介：设计高效且特异的CRISPR小指南RNA（sgRNA）是成功应用CRISPR技术的关键之一。 重要的是，已发现越来越多的具有不同原间隔子相邻基序（PAM）的新的RNA引导的核酸内切酶。 因此，迫切需要开发一种通用的工具来设计sgRNA，以满足不同的RNA指导的DNA核酸内切酶的需求。 为此，开发了名为“ CRISPR-offinder”的灵活的sgRNA设计程序。 此新程序的最重要功能是它支持所有已知的PAM类型以及客户定义的PAM。 此外，CRISPR-offinder可以通过脱靶位点数量找到基因组中的候选sgRNA并对其进行排名，还可以用于设计单个或成对的gRNA。 CRISPR-offinder可作为命令行程序免费获得，也可通过我们的网站进行访问。 可用性：CRISPR-offinder可从http://crispr-offinder.com/或http://crispr.igenetech.com/免费获得。

Python生物信息学框架 包含用于DNA分析的python脚本的存储库，特别是： DNA翻译 GC含量计算（比率或百分比） ATCG基本比率函数（组成百分比，基本计数） ＃＃职能： DNA_translation - 返回互补序列 RNA_transcription - 返回 RNA 序列 nucleotate_count-返回特定的基本计数 total_nucleotide_count-返回包含ATCG基本计数值的字典 nucleotide_composition-返回特定碱基百分比组成 total_nucleotide_composition - 返回一个包含 ATCG base % 组成值的字典 GC_content-以百分比或G + C比率返回GC含量 ##说明/设置 下载资源库。 导入 controller.py 以访问函数。 仅使用名称（不要求文件路径，已经由co

RNA Secondary Structure Analysis Using the Vienna RNA Package 博文链接：https://bbsunchen.iteye.com/blog/1239572

模数流 Nextflow管道，用于从NCBI SRA下载和处理微生物RNA序列数据 设置 安装 检查的Java 8或更高版本安装使用： java -version 将nextflow下载到当前目录： curl -s https://get.nextflow.io | bash curl -s https://get.nextflow.io | bash 通过运行以下./nextflow run hello测试安装： ./nextflow run hello 安装 为您的数据集准备元数据文件。 使用来获取指定生物的所有元数据。 要附加本地数据，您可以向tsv文件中添加新行，并填写以下各列： Experiment ：对于公共数据，这是您的SRX ID。 对于本地数据，应使用标准化的ID命名数据（例如ecoli_0001） LibraryLayout ：要么成对或非单 Platfo

snRNAseq_bulkRNAseq_DEG_analysis RNAseq数据元分析的管道（Mathys-Grubman-GSE95587）

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