CoGe（比较基因组学）平台 CoGe是一个基于Web的平台，提供工具和数据库来协助生物学家进行比较基因组学研究。 安装 有关详细的安装说明，请访问： :

用单细胞数据绘制癌症的免疫抗性 该资源提供了Jerby-Arnon等人研究中开发的代码。 “黑色素瘤生态系统的单细胞RNA-seq揭示了与免疫疗法临床结果相关的T细胞排斥的来源” 。 它重现了这项研究的关键结果，可用于其他单细胞研究人群，探索癌症中的细胞相互作用。 要求 R（已在R版本3.4.0（2017-04-21）中进行测试-“您愚蠢的黑暗”）。 R库：scde，matrixStats，plotrix，plyr，ppcor，生存，ROCR，Hmisc，rms，mixtools，lme4，lmerTest 数据 数据在 （ ImmRes_Rfiles.zip ）中提供。 在门户网站中，您还将找到已处理的单细胞以及。 快速开始 为了重现Jerby-Arnon等人报道的结果。 从下载ImmRes_Rfiles.zip 。 解压缩文件，然后将结果数据目录移动到ImmuneResistanc

典型相关分析matlab实现代码#SCell用户指南 SCell是一个集成的软件工具，用于从大型单细胞RNA-seq数据集中进行质量过滤，标准化，特征选择，降维迭代，聚类和估计基因表达梯度。 SCell是开源的，并通过直观的图形界面实现。 可从Windows获得Mac，MacOS和Linux的二进制可执行文件，从获得源代码和预处理脚本。 如果您使用此软件进行研究，请引用：Aaron Diaz，Siyuan J. Liu，Carmen Sandoval，Alex Pollen，Tom J. Nowakowski，Daniel A. Lim和Arnold Kriegstein。 。 生物信息学。 2016. doi：10.1093 / bioinformatics / btw201 目录 1.安装 SCell在64位Mac OSX，Windows和Linux下运行。 首先从以下位置下载适当的安装包： 以_web结尾的文件的初始下载量较小，但在安装过程中将下载更多文件。 那些没有_web结尾的东西已经捆绑了所有需要的东西。 下载完成后，双击安装程序，然后按照屏幕上的说明进行操作。 要调用Wi

RNA干扰OGT/OGA对hela细胞糖基化作用的影响，张越，马纪，目的：通过RNA干扰技术，敲减O连接的N-乙酰葡萄糖胺（O-linked N-acetylglucosamine，O-GlcNAc）修饰中起重要作用的O -连接N-乙酰氨基葡萄糖转移�

定义核糖核酸（RNA），以及其分子结构，组成、合成与修饰、分类等内容。

RNA-seq数据分析实用方法, 介绍了RNA-seq分析的很多方法，比如edgeR，limma包等。

python单任务爬取RNA数据

技术手册——从RNA提取到荧光定.pdf

CellBender CellBender是一个软件包，用于消除高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的技术伪像。 当前版本包含以下模块。 将来将添加更多模块： remove-background ： 此模块从（原始）基于UMI的scRNA-seq计数矩阵中删除由于周围RNA分子和随机条形码交换引起的计数。 目前，仅支持由CellRanger count管道生成的计数矩阵。 将来会增加对其他工具和协议的支持。 在可以找到快速入门教程。 请参阅以获取有关使用CellBender的快速入门教程。 安装及使用 手动安装 推荐的安装方法如下。 创建一个conda环境并激活它： $ conda create -n cellbender python=3.7 $ source activate cellbender 安装模块： (cellbender) $ conda in

FRETtranslator是一个框架，可让您预测给定smFRET轨迹的RNA缝制结构转变序列。 它的核心是使用维特比解码。 FRETtranslator将smFRET数据与RNA二级结构预测和RNA 3D结构采样结合在一起。 因此，它依赖于来自附加软件的输入来进行RNA二级结构和3D结构预测。