Snakemake中的基本散装RNA-seq管线 目录 描述 该存储库包含两种基本形式的基本批量RNA-seq管道的演示，即Snakemake （在workflow/目录中）和bash脚本（在bash_workflow/目录中）。 这两个工作流程执行相同的分析，但是Snakemake管道更加健壮和推荐，尽管目前还不够完善。 这个Snakemake管道是作为教程的一部分而创建的，因此避免了使用某些Snakemake的完整/更复杂的实用程序。 尽管如此，它还是对bash工作流程的改进。 Snakemake版本的几个优点。 停止错误，自动删除不完整的文件 发生错误后可以重新运行/重新启动管道，并且仅运行未完全完成的步骤 可以运行到管道中的某个点而无需编辑管道 可以添加新样本并重新运行管道，以便在必要时仅运行处理新样本以及将这些新数据与其他样本数据集成所需的步骤 可以泛化分析 不必预先安装所

蛇管 snakePipes是使用构建的灵活而强大的工作流程，可简化NGS数据的分析。 可用的工作流程 DNA映射* 芯片序列* mRNA序列* 非编码RNA-seq * ATAC序列* 核糖核酸序列 嗝 全基因组亚硫酸氢盐Seq / WGBS （*在“等位基因特定”模式下也可用） 安装 Snakepipes使用conda进行安装和相关性解析，因此您需要先 。 之后，只需运行以下命令： conda create -n snakePipes -c mpi-ie -c bioconda -c conda-forge snakePipes 这将创建一个新的conda环境，称为“ snakePipes”，其中安装了snakePipes。 然后，您将需要创建各种工作流程所需的conda环境。 为方便起见，我们提供了snakePipes命令： conda activate snak

在Conda环境中安装R，Python和Snakemake 通过Conda使用R，Python和Snakemake进行可重现的分析 该存储库包含安装脚本，用于自动安装R，Python和Snakemake以及在conda环境中用于生物信息学和数据科学项目的其他软件。 安装程序将安装1）r-base和r-essentials，2）python，JupyterLab和核心SciPy软件包，以及3）Snakemake工作流管理系统，允许在本地，群集和云平台上进行交互式或批处理分析。 安装程序还将通过创建以下项目来简化conda env中R的设置：项目级别的.Rprofile和.Renvironment文件，用于在R中设置项目级别的工作目录的.here文件，以及用于临时安装R的外部R库目录R软件包尚未在conda-forge或bioconda渠道上发布。 重要的是，当将R与conda一起使用时