焦点 使用GTEx的eQTL协会结果探索GWAS结果 该Web应用程序将通过与整合到单个交互式图中，并通过应用进行可视化，使GWAS结果的探索和注释能够评估哪些基因和组织是GWAS信号最可能的候选者。结果显示在热图上。 此外，用户可以上传其他数据集以测试共定位。 例如，可以上传其他表型关联（即PheWAS）以评估多效性或其他来源的eQTL数据，以获得正式的共定位测试和数据可视化。 LD信息是使用1000 Genomes Project上的PLINK计算得出的，以便在给定领先SNP的情况下查看LD。 默认的销售线索SNP是顶部的SNP。 eQTL关联结果已本地存储在MongoDB数据库中。 完整文档可从。 可以通过访问该应用程序。

轨迹缩放 使用您自己的 LD 矩阵制作类似 LocusZoom 的图。 该脚本创建了一个 R 函数来创建区域曼哈顿图，其中点根据 LD 着色，并在下方注释基因。 包含三个示例输入文件用于测试目的，以及示例 .jpg 输出。 Example.assoc.linear：PLINK 关联结果的文件（只有“CHR”、“SNP”、“BP”和“P”列是必不可少的） Example.ld：要标记的 SNP（热门/感兴趣的 SNP）与包含在 PLINK 结果文件中的 SNP 之间的 LD 文件 该文件必须有一个名为“SNP_B”的列（包含结果文件中所有 SNP 的列表）和一个名为“R2”的列（包含每个 SNP 的 R^2 LD 值）。 SNP 名称必须与结果文件的 SNP 列中的名称匹配。 该文件可以由 locus_zoom.R 脚本为您创建 如果您有权访问 Biochem 服务器并且在您的结果文