焦点 使用GTEx的eQTL协会结果探索GWAS结果 该Web应用程序将通过与整合到单个交互式图中，并通过应用进行可视化，使GWAS结果的探索和注释能够评估哪些基因和组织是GWAS信号最可能的候选者。结果显示在热图上。 此外，用户可以上传其他数据集以测试共定位。 例如，可以上传其他表型关联（即PheWAS）以评估多效性或其他来源的eQTL数据，以获得正式的共定位测试和数据可视化。 LD信息是使用1000 Genomes Project上的PLINK计算得出的，以便在给定领先SNP的情况下查看LD。 默认的销售线索SNP是顶部的SNP。 eQTL关联结果已本地存储在MongoDB数据库中。 完整文档可从。 可以通过访问该应用程序。

matlab初步回归代码TreeMap-eQTL变体的精细映射的结构化方法 TreeMap在cis-eQTL中优先考虑推定的因果变异，从而说明了一个位点的多位点效应和遗传连锁。 它采用3层嵌套设计来删除无信息的变体，并逐步减少信息性变体之间的冗余。 在外层，树引导的惩罚回归选择LD中的变体组或与转录变化相关的单个变体。 在中间层，逐步条件分析会迭代每个LD块内的变体组合，以识别特定于块的最佳解决方案。 在内部层，将从先前的层中选择的变量进行汇总，然后通过贝叶斯多变量分析以得出全局最优解。 TreeMap支持集群环境中的并行处理。 安装。 ## if you have not installed devtools, please do install.packages("devtools"); ## if on Mac Download "Command Line Tools for Xcode 12" from https://developer.apple.com/download/more/ before next step ## then install treemap devt

eQTL分析简介 该存储库包含介绍性 eQTL 分析课程的材料。 Docker 镜像 泊坞窗目录包含Dockerfile和数据需要建立一个包含练习的所有必要组件的码头工人形象，这门课程的组成部分。 生成的 Docker 映像可从。 docker pull humburg/eqtl-intro将拉取最新版本的镜像。 安装 Docker 使用这个镜像需要一个有效的 Docker 安装。 、 、 和许多安装说明可通过 Docker。 使用 Docker 镜像 docker 镜像包含和并允许使用 RStudio IDE 和 R 控制台。 要使用 IDE，请使用以下命令启动 Docker 容器 docker run -p 8787:8787 humburg/eqtl-intro 然后，通过访问端口 8787 上的 docker 主机，可以通过 Web 浏览器访问 RStudio。在 Linu

Li-eQTL-2018 欧洲油菜 QTL 和 eQTL 论文的脚本 该存储库包含 Li 等人的脚本、输入和输出数据。 2018 年关于欧洲油菜 QTL 和 eQTL。 主要脚本是脚本文件夹中的 .MD 和 .RMD 文件。 从原始表型数据开始，绘制直方图，检查表型性状之间的 Pearson 相关性，并计算广义遗传力 包括到存储库的链接，该存储库对时间序列数据进行增长模型拟合。 生长模型使用 R 包 brms 拟合生长模型，其中使用当前数据集的统计数据作为先验，应用多级模型来解释每个 F2 植物的随机效应，并使用 BIC/AIC 等评估模型。 从 RNAseq 计数开始，TMM 归一化并拟合 edgeR 中的 glm 模型进行基因表达分析。 差异表达基因的GO富集结果显示在文件中。 显示了使用 Freebayes 和 GATK 的 SNP 调用管道、来自 Feebayes 和 G

GTEx 祖松鹏通过贝叶斯非参数方法从 GTEx 数据中检测顺式 eQTL。 程序 给定距离截断值，获取每个基因周围的 SNP（文件：genelocsnp） 运行 R 脚本以获取 DECODE 结果。