matlab三维张量分解代码DTF:预测抗癌药物协同作用的深层张量分解
这些是代码和数据,主要用于该项目,该项目使用深张量因子分解来预测抗tic子药的协同作用。
我在这里使用的唯一数据集是38种药物和39种细胞系的药物协同作用数据,这些数据是根据ONeil等人的研究得出的。
为了实现DTF模型,首先,我使用R预处理原始数据以构建张量,然后将其用于Python和MATLAB
。
对于某些特定的细胞系,对相同的药物对进行了多次实验。
为了构建三维(3D)药物-细胞-细胞系张量,我们对相同药物-药物对的这些分数取平均值。
结果张量在data_sets文件夹中提供。
为了在matlab中分解张量,我使用和。
张量分解的结果以因子矩阵的形式提供。
python代码主要涉及如何根据Matlab的输出生成特征,并给出了构建最终DTF模型以对缺失药物组合进行预测的代码。
注意,为了方便编程,将每种药物组合编码为一个索引。
具体来说,我使用公式:drug_A_index
+
drug_B_index
*
38
+
cell_line_index
*
38
*
38来编码药物组合。
因此,我可以解码索引以
2022-04-21 19:48:35
2.83MB
系统开源
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