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VCF与纯文本GWAS存储格式 以纯文本/表格文本和VCF查询GWAS摘要统计信息的运行时性能 引文 Lyon, M.S., Andrews, S.J., Elsworth, B. et al. The variant call format provides efficient and robust storage of GWAS summary statistics. Genome Biol 22, 32 (2021). https://doi.org/10.1186/s13059-020-02248-0 结果 要查看比较结果，请在网络浏览器中打开html文件。 阴谋 工作流程 将GWAS转换为GWAS-VCF 准备查询 对数据进行二次采样，准备多样本GWAS-VCF，并记录预期的输出结果，以便与命令行工具进行比较 RSID查询性能 rsID上的性能查询 单样本-2.5M 单

Devito：基于符号规范的快速模板计算 是一个Python软件包，用于根据高级符号问题定义实施优化的模具计算（例如，有限差分，图像处理，机器学习）。 Devito建立在基础上，并采用自动代码生成和即时编译功能，以在包括CPU，GPU及其集群在内的多个计算机平台上执行优化的计算内核。 交互式Jupyter笔记本 关于德维托 Devito提供了一种功能语言，用于实现复杂的运算符，该运算符可以由多个模板计算，边界条件，稀疏运算（例如插值）等组成。 典型的用例是用于逼近偏微分方程的显式有限差分方法。 例如，可以使用Devito来实现2D扩散算子，如下所示 >> > grid = Grid ( shape = ( 10 , 10 )) >> > f = TimeFunction ( name = 'f' , grid = grid , space_order = 2 ) >> > eqn =

Kokkos：核心库 Kokkos Core 在 C++ 中实现了一个编程模型，用于编写针对所有主要 HPC 平台的高性能便携式应用程序。 为此，它为代码的并行执行和数据管理提供了抽象。 Kokkos 旨在针对具有 N 级内存层次结构和多种类型执行资源的复杂节点架构。 它目前可以使用 CUDA、HPX、OpenMP 和 Pthreads 作为后端编程模型，以及其他几个正在开发的后端。 Kokkos Core 是 Kokkos C++ 性能可移植性编程生态系统的一部分，该生态系统还提供数学内核 ( )，以及分析和调试工具 ( ）。 了解 Kokkos 可以在 Wiki 上找到编程指南，API 参考正在开发中。 如有问题，请在 Slack 上找到我们： : 或打开 github 问题。 对于非公开问题，请发送电子邮件至 crtrott(at)sandia.gov 可以在下找到包含

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Infinity-用于InfiniBand的轻量级C ++ RDMA库 Infinity是ibVerbs的简单，强大，面向对象的抽象。 该库使用户可以构建使用远程直接内存访问（RDMA）的复杂应用程序，而不会牺牲性能。 它大大降低了RDMA编程入门的障碍。 Infinity为双面（发送/接收）以及双面（读/写/原子）操作提供支持。 该库是用C ++编写的，并已通过@utaal移植到Rust（ ）。 安装 在构建Infinity之前，必须先安装“ ibVerbs”。 输出位于``release / libinfinity.a''中。 $ make library # Build the library $ make examples # Build the examples 使用无限 使用Infinity很简单，只需要几行C ++代码。 // Create new context i

JtlReporter 描述 用于 （JMeter）负载测试的报告工具。 Jtl Reporter旨在用作Grafana perf堆栈的补充。 虽然Grafana为实时数据预览提供了很好的解决方案，但它缺乏易于进行测试运行回顾的能力。 Jtl Reporter的主要目标是使您可以轻松比较测试运行。 更多 安装步骤 安装 （ ， ） 克隆此存储库并导航到克隆的文件夹 在同一文件夹中使用docker docker-compose部署JtlReporter $ docker-compose up -d 在浏览器的2020端口上打开已部署环境的IP地址 $ http://IP_ADDRESS:2020 默认凭证 username: admin password: 2Txnf5prDknTFYTVEXjj 金牛座整合 Jtl Reporter可以轻松地与Taurus集成。 为此，我们将使用