微卫星DNA序列完整性对多态性的影响，郑燕，金谷雷，综微卫星序列（SSR）是指以1-6碱基为单位的串联重复序列。SSR包括完整SSR与不完整SSR。不完整SSR是指在重复序列中允许个别碱基不是重复

越来越多的巨大全基因组 (>1G) 的序列可用性不断增加，击败了当前现有的 SSR 分析工具。 Genome-wide Microsatellite Analyzing Tool (GMATo) 是一个新的强大的程序，用于更快地挖掘任何长度、任何大小的 SSR，以及基因组方面的全面统计分析，专为基于 Perl 脚本的巨大基因组而设计。 只需要一个输入文件，其中包含原始 fasta 格式的 DNA 序列和表格格式的输出文件，列出所有 SSR 位点信息和四个生物学家感兴趣的分类的统计分布。 GMATo 还具有 Java 脚本的简单图形用户界面和 Perl 的命令行界面，可在 Windows、Linux 和 Mac 等平台上运行，为生物学家和生物信息学家提供易于定制的参数控制。 软件 GMATo 是在巨大基因组中进行 SSR 表征的更好工具 引用本文：Wang X. et al , Bioinformation [2013, 9(10):541-544]

宾纳 binner是一个用于处理 DNA 指纹数据的 R 包。 目前，它提供了完整的AFLP分析工作流程： 读取 ABI .fsa文件 归一化电泳图 识别和调整峰值 查看单个电泳图 删除、添加和重命名样本 使用RawGeno算法自动分峰 生成存在-不存在矩阵以在 R 中进行进一步分析（或导出以供其他程序使用，如果您愿意） 安装 您可以使用 Hadley Wickham 的包安装binner 。 install.packages("devtools") install_github("plantarum/binner") 帮助 包裹没有小插图。 我在函数readFSA的帮助文件中提供了一个相当完整的示例。 用 R 用?readFSA打开它（当然在你加载了 biner 之后）。 备择方案 您可能还想考虑两种基于 R 的替代方案： RawGeno当前需要使用第二个程序来读取原始 fsa 数

Krait：微卫星研究和引物设计 目录 介绍 Krait是一款功能强大且超快速的工具，具有用户友好的图形界面，可用于全基因组范围内的微卫星研究，从而试图克服当前可用工具的局限性。 Krait用Python编写，可以在Windows，Linux或Mac系统上作为独立的桌面应用程序运行而无需依赖。 微卫星搜索引擎用C编写，并编译为Python模块，以导入到Krait中 特征 确定完美的SSR 识别不完善的SSR（iSSR） 化合物SSR（cSSR）的鉴定 从超大型基因组中鉴定VNTR 在基因编码区定位SSR 微卫星设计入门 统计分析和绘图 支持gzip压缩的fasta作为输入文件 支持导出FASTA，GFF3或CSV 从NCBI数据库下载DNA序列 下载 https://github.com/lmdu/krait/releases 文献资料 http://krait.bios

基于机器学习的基因组微卫星状态探测方法综述.pdf

什么是软件 GMATA v21 Genome-wide Microsatellite Analyzing Toward Application (GMATA) 是一款用于简单序列重复 (SSR) 分析、SSR 标记设计和在任何 DNA 序列中作图的软件。 它具有以下功能： 1. SSR挖矿； 2. 统计分析和绘图； 3. SSR轨迹图查看； 4、标志设计； 5. 电子测绘和标记可转移性调查。 GMATA 准确、灵敏且快速。 它旨在处理大型基因组序列数据集，尤其是大型全基因组序列。 理论上，任何大小的基因组都可以通过 GMATA 轻松分析。 软件 GMATA 可在服务器、台式机甚至笔记本电脑上运行，只需单击即可在图形界面中运行，也可以在命令行或自动管道中运行。 它也是跨平台的，支持 Unix/Linux、Win 和 Mac。 来自软件 GMATA 的结果可以在 Gbrowser 中与基因组或基因特征一起直接以图形方式显示，并且可以轻松地与任何基因组数据库集成。

GnssToolKit3.rar GnssToolKit3为一款配合杭州中科微卫星定位接收机(以下简称为接收机)使用的软件. 用于显示接收机的输出信息, 配置接收机的内部状态, 并对接收机的性能做一些简单的测试.

基于干扰观测器的微卫星自适应容错姿态控制

用于封闭群动物种群多态性检测，本软件是目前种群多态性检测的一款权威软件，通过微卫星位点的多态性对种群是否符合封闭群标准进行判断，简单好用