越来越多的巨大全基因组 (>1G) 的序列可用性不断增加，击败了当前现有的 SSR 分析工具。 Genome-wide Microsatellite Analyzing Tool (GMATo) 是一个新的强大的程序，用于更快地挖掘任何长度、任何大小的 SSR，以及基因组方面的全面统计分析，专为基于 Perl 脚本的巨大基因组而设计。 只需要一个输入文件，其中包含原始 fasta 格式的 DNA 序列和表格格式的输出文件，列出所有 SSR 位点信息和四个生物学家感兴趣的分类的统计分布。 GMATo 还具有 Java 脚本的简单图形用户界面和 Perl 的命令行界面，可在 Windows、Linux 和 Mac 等平台上运行，为生物学家和生物信息学家提供易于定制的参数控制。 软件 GMATo 是在巨大基因组中进行 SSR 表征的更好工具 引用本文：Wang X. et al , Bioinformation [2013, 9(10):541-544]

Krait：微卫星研究和引物设计 目录 介绍 Krait是一款功能强大且超快速的工具，具有用户友好的图形界面，可用于全基因组范围内的微卫星研究，从而试图克服当前可用工具的局限性。 Krait用Python编写，可以在Windows，Linux或Mac系统上作为独立的桌面应用程序运行而无需依赖。 微卫星搜索引擎用C编写，并编译为Python模块，以导入到Krait中 特征 确定完美的SSR 识别不完善的SSR（iSSR） 化合物SSR（cSSR）的鉴定 从超大型基因组中鉴定VNTR 在基因编码区定位SSR 微卫星设计入门 统计分析和绘图 支持gzip压缩的fasta作为输入文件 支持导出FASTA，GFF3或CSV 从NCBI数据库下载DNA序列 下载 https://github.com/lmdu/krait/releases 文献资料 http://krait.bios