GATK HaplotypeCaller SNP Calling 自动化流程

上传者: yebo_cau | 上传时间: 2019-12-21 22:10:15 | 文件大小: 7KB | 文件类型: sh
使用GATK进行 SNP Callling的自动化流程。基于GATK3.3以上版本的HaplotypeCaller标准流程进行,测试脚本以sra文件为最初输入,将读取文件见内的所有sra文件(视为同一个样本的数据),进行SNP Calling产生GVCF,然后用户可自行进行jointCall

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评论信息

  • wilkingBT :
    已有全基因组重测序的clean data,能否直接用该流程进行群call?
    2020-12-31
  • YuNing :
    已有全基因组重测序的clean data,能否直接用该流程进行群call?
    2020-12-31
  • hzaubbc :
    能不能给一个sra格式参考一下,谢谢~
    2019-11-13
  • 科研院-冯吉 :
    能不能给一个sra格式参考一下,谢谢~
    2019-11-13

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