gatk, GATK版本 4和更高版本的官方代码库 注意：请查看网站，你可以下载预编译可执行文件，阅读文档，提问，并接收技术支持。 GATK 4这个库包含了下一代基因组分析工具包( GATK ) 。 这个存储库的内容是 100%开放源码的，并在 BSD 3-Clau

rnaseq_variant_calling_workflow 下载 使用以下命令克隆git存储库： git clone https://github.com/durrantmm/rnaseq_variant_calling_workflow.git 安装 此工作流使用conda环境来满足所有必要的依赖关系。 确保您已安装anaconda。 下载。 您只需输入以下内容就可以安装工作流程： bash install.sh 在您的控制台中。 现在是时候进行配置了。 配置 这是正确运行工作流程中非常重要的一步。 打开提供的config.yaml文件以开始使用 设置GATK和Picard执行路径 config.yaml文件的前两个参数是 gatk_path: "java -jar /path/to/GenomeAnalysisTK.jar" picard_path: "java -jar

wgs全基因组序列比对流程 用到的软件 过程步骤 一. 下载准备需要的文件 下载参考序列基因组文件 1.建立索引 bwa index ref.fasta 完成之后 会看到几个ref.fasta为前缀的文件 为参考序列生成dict文件 gatk CreateSequenceDictionary -R ref.fasta -O ref.dict samtools 建索引 samtools faidx ref.fasta 下载测序文件 fastaq-dump --split-files SRR***** 下载的文件是双末端测序从两端读的read1和read2 >> 用bgzip压缩 bgzip seq1_.fasta bgzip seq2_.fasta 二.处理文件 将read比对到参考基因组 bwa mem -t 4 -R '@RG\tID:foo\tPL:illumina\tSM:

SNP_calling_GATK 这是运行GATK调用高质量SNP的逐步步骤，它旨在在集群上运行。 该脚本是通过实施Genome Analysis Toolkit（GATK）而构成的全基因组植物SNP调用管道的一部分。 有关GATK的更多信息，请访问： ://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us 可以在github中找到此管道的详细说明： : 作者：Taslima Haque 上次修改时间：2021年2月12日 请将您的查询发送给作者： 或 它期望什么？ 这是每个脚本的示例标头，它们期望跟随变量： refDir = / work / 02786 / taslima / dbs / PH＃参考基因组文件所在的参考目录 ref = PhalliiHAL_496_v2.0.softmasked.fa＃参考基因组文件的名称 outDir = / scratch

用于构建遗传连锁图谱的生物分析软件，从比对到SNP calling再到SNP 分类。

使用GATK进行 SNP Callling的自动化流程。基于GATK3.3以上版本的HaplotypeCaller标准流程进行，测试脚本以sra文件为最初输入，将读取文件见内的所有sra文件（视为同一个样本的数据），进行SNP Calling产生GVCF，然后用户可自行进行jointCall