SpiecEasi
生态联系的稀疏逆协方差估计和统计推断
该软件包对于希望为各种组成数据推断图形模型的人很有用,尽管它主要用于微生物组相对丰度数据(由16S扩增子序列数据生成)。 它还包括一个用于[过度分散,零膨胀]多元相关计数数据的生成器。 请参阅发表的论文。
关于符号的一个小问题:我们将该方法称为“ SPIEC-EASI”,并为此包保留了“ SpiecEasi”。
目录
安装
开发工具
我假设所有辅助软件包都已安装-例如pulsar,large,MASS等。如果遇到意外错误,则可能需要下载并安装缺少的依赖项。
在交互式R会话中:
library(devtools)
install_github("zdk123/SpiecEasi")
library(SpiecEasi)
conda
SpiecEasi也可以通过conda来源获得,并且应该始终与该存储库的主分支保持最新。
co
2022-05-02 10:21:50
1.48MB
R
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