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scRNA-seq的一种谱聚类方法
使用
computeKernel.m
计算内核
run.m
是主要入口。
selfweightmkl.m
由
run.m
调用，它自动为所有内核分配权重。
我们提供了一个关于
Yan
数据集的演示。
您只需要下载代码并设置正确的路径，然后运行run.m函数即可。
该项目中的文件夹包含
scRNA-Seq
表达数据和计算内核。
输入：data.m
输出：results.txt
**
聚类：
FINCH：第一个整数邻居聚类层次（FINCH）算法
Matlab
：请进入您复制此文件夹的路径或将其路径添加到您的
Matlab
路径中。
[c,
num_clust]=
FINCH(data,
initial_rank,
verbose);
输入：
数据：数据矩阵（行中的特征向量）
initial_rank
[可选]：Nx1（1
个邻居）索引向量。
传递空
[]
以通过
pdist
或
flann
计算第一个邻居
详细信息：打印一些输出
输出：
c:
N
x
P
矩阵每个列向量包含每个分区
P
的簇标签
num_clust：显示
2021-07-20 15:34:19
118.35MB
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苏州大学现代统计与生物信息学课程内容，实现RNA-seq流程的报告，使用hisat2+stringtie+ballgown流程
2021-07-20 10:09:01
4.27MB
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【EDA】SEQ_DETECTOR序列检测器Verilog及testbench
2021-07-15 09:07:12
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VOLTE语音质量SEQ投诉分析方法VOLTE语音质量SEQ投诉分析方法VOLTE语音质量SEQ投诉分析方法
2021-07-11 09:30:51
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SEQ分析VOLTE实战操作指导书
必须通过4A 管理平台登录，且1 个4A 账号下只能同时登录1 个SEQ 账号，
但不同4A 账号可以登录同一个SEQ 账号（一旦点击SEQ 时提示“Firfox 已运行”，那就绪要重新换4A 账
号才能登录）。
2021-06-28 21:01:48
3.34MB
1
CoGe（比较基因组学）平台
CoGe是一个基于Web的平台，提供工具和数据库来协助生物学家进行比较基因组学研究。
安装
有关详细的安装说明，请访问： :
2021-06-27 00:01:38
39.29MB
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scRNA.seq.datasets：我们小组使用的公共scRNA-Seq数据集的集合
2021-06-25 20:48:21
258KB
1
用单细胞数据绘制癌症的免疫抗性
该资源提供了Jerby-Arnon等人研究中开发的代码。 “黑色素瘤生态系统的单细胞RNA-seq揭示了与免疫疗法临床结果相关的T细胞排斥的来源” 。 它重现了这项研究的关键结果，可用于其他单细胞研究人群，探索癌症中的细胞相互作用。
要求
R（已在R版本3.4.0（2017-04-21）中进行测试-“您愚蠢的黑暗”）。
R库：scde，matrixStats，plotrix，plyr，ppcor，生存，ROCR，Hmisc，rms，mixtools，lme4，lmerTest
数据
数据在 （ ImmRes_Rfiles.zip ）中提供。
在门户网站中，您还将找到已处理的单细胞以及。
快速开始
为了重现Jerby-Arnon等人报道的结果。 从下载ImmRes_Rfiles.zip 。 解压缩文件，然后将结果数据目录移动到ImmuneResistanc
2021-06-24 15:30:07
26.87MB
1
典型相关分析matlab实现代码#SCell用户指南
SCell是一个集成的软件工具，用于从大型单细胞RNA-seq数据集中进行质量过滤，标准化，特征选择，降维迭代，聚类和估计基因表达梯度。
SCell是开源的，并通过直观的图形界面实现。
可从Windows获得Mac，MacOS和Linux的二进制可执行文件，从获得源代码和预处理脚本。
如果您使用此软件进行研究，请引用：Aaron
Diaz，Siyuan
J.
Liu，Carmen
Sandoval，Alex
Pollen，Tom
J.
Nowakowski，Daniel
A.
Lim和Arnold
Kriegstein。
。
生物信息学。
2016.
doi：10.1093
/
bioinformatics
/
btw201
目录
1.安装
SCell在64位Mac
OSX，Windows和Linux下运行。
首先从以下位置下载适当的安装包：
以_web结尾的文件的初始下载量较小，但在安装过程中将下载更多文件。
那些没有_web结尾的东西已经捆绑了所有需要的东西。
下载完成后，双击安装程序，然后按照屏幕上的说明进行操作。
要调用Wi
2021-06-18 19:49:31
7.21MB
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