Scanorama
概述
Scanorama可以批量校正和整合异质scRNA-seq数据集,这在Brian Hie,Bryan Bryson和Bonnie Berger的论文中进行了描述。 该存储库包含Scanorama源代码以及在论文中重现结果所必需的脚本。
Scanorama旨在用于降噪方法下游的scRNA-seq管道,包括用于插补和高度可变的基因过滤的方法。 然后,可以将Scanorama集成和批次校正的结果用作其他工具的输入,以用于scRNA-seq聚类,可视化和分析。
数据草绘工具还可以极大地加快Scanorama集成,如论文并实现。
API示例用法
Scanorama是。 考虑使用此API以便与Scanpy轻松集成。
另外,在顶部的Scanorama源代码中提供了使用基本Scanorama软件包的参数文档。
这是在Python中使用Scanorama的示例用法:
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2023-04-11 03:16:30
51KB
Python
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