msprime msprime是一个Python API和命令行界面，用于基于重组模拟合并。 请参阅以获取更多信息和。 如果您想帮助使msprime更好，请参阅以开始使用。 如果您正在寻求有关特定问题的帮助，或者想向其他msprime用户提出问题，请发送电子邮件至。 通过在邮件列表中提问，您可以帮助建立可搜索的知识库。 我们目前正在努力开发1.0版本，问题的路线图在。 如果您在工作中使用msprime ，请引用论文。 有关完整的引文详细信息，请参见。

多对象单细胞反卷积（MuSiC） MuSiC是一种反卷积方法，它利用跨学科的scRNA-seq来估计大量RNA-seq数据中的细胞类型比例。 如何引用MuSiC 请引用以下出版物： 具有多对象单细胞表达参考的大体积组织细胞类型反卷积X.Wang，J.Park，K.Susztak，NRNR Zhang，M.Li 自然通讯。 2019年1月22日 安装 # install devtools if necessary install.packages( ' devtools ' ) # install the MuSiC package devtools :: install_github( ' xuranw/MuSiC ' ) # load library( MuSiC ) 更多信息 请参阅。

R中的种群遗传学和基因组学 Niklaus J.Grünwald，Zhian N. Kamvar，悉尼E. Everhart，Brian J. Knaus和Javier F. Tabima 欢迎！ 该引物为在R中进行种群遗传数据的应用分析提供了简要的介绍，特别着重于非模型种群，包括克隆或部分克隆的生物。 它提供了宝贵的资源，可用于对不一定符合教科书遗传学且可能或可能不会处于Hardy-Weinberg平衡状态的人群进行精确的分析。 尽管此入门知识不需要R编程方面的广泛知识，但希望用户安装R和该入门知识所需的所有软件包。 我们最近对引物进行了实质性的修改，以包括种群基因组数据，即VCF数据，该数据是通过对完整或缩减代表性基因组的种群进行高通量测序而得出的。 请注意，本入门手册仍在编写中，并将在我们继续编写时对其进行更改。 请向我们提供有关您可能发现的任何错误或改进建议的反馈。 底漆目

Poppr版本2 什么是poppr ？ Poppr是一个R软件包，用于分析具有性和克隆繁殖混合模式的人群。 它围绕genind和genlight对象的框架构建，并提供以下实现： 在层次结构的多个级别中的任何一个级别上对人口进行克隆检查 方便的多基因座基因型计数和具有多个层次结构的种群子集 定义多基因座基因型 基因型多样性，均匀性，丰富性和稀疏性指标的计算 引导距离支持遗传距离的树状图的绘制 遗传距离的最小跨度网络图 关联指数的计算（ ） 或者 （ ） 已安装R（≥2.15.1）的任何服务器上的批处理 微卫星（SSR）标记的Bruvo距离的计算（以C表示为速度） 从导入数据并导出到 2.0版的新功能： 基因组SNP数据处理 自定义多基因座基因型定义 通过遗传距离折叠多基因座谱系 计算网状最小跨度网络 计算跨snps的滑动窗口中的关联索引 MLG多样性统计的自举 和更多！ 有关完整

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pophelper：一个R包，用于分析和可视化来自STRUCTURE，fastSTRUCTURE，TESS，ADMIXTURE等的混合比例