chromVAR：染色质跨区域变异（基因组！）

ATAC-Seq：与ATAC-Seq相关的脚本

ATAC-Seq-管道 要求 此项目需要R版本> = 4.0.0。 使用initialization.sh脚本将正确的R版本自动安装在新的conda环境（ATAC）中。 initialize.sh脚本包括自动安装，可防止与R中的程序包依赖项发生冲突。如果您希望设置自己的环境，则必须修改initialize.sh并为“ Biostrings”，“ BCRANK”和“ seqinr”。 该GitHub管道包括一个可选分支，用于基于轨道的染色质可访问性可视化。 要使用此命令，您将必须在由initialize.sh创建的“ ATAC”环境中安装以下依赖项： Python> = 3.6 numpy的> = 1.8.0 scipy> = 0.17.0 py2bit> = 0.1.0 pyBigWig> = 0.3.4 pysam> = 0.8 matplotlib> = 3.1.1

TOBIAS-通过研究ATAC-seq信号预测转录因子的占有率 介绍 ATAC-seq（使用高通量测序进行转座酶可及性染色质测定）是用于研究全基因组染色质可及性的测序测定法。 该测定法应用Tn5转座酶将测序接头插入可利用的染色质中，从而能够绘制出基因组中调控区域的图谱。 另外，Tn5插入的局部分布还包含有关转录因子结合的信息，这是由于在被蛋白质结合的位点周围的插入处可见插入而导致的，这被称为“足迹” 。 TOBIAS是用于对ATAC-seq数据执行足迹分析的命令行生物信息学工具的集合，包括： Tn5插入偏差的校正 计算监管区域内的足迹得分 估计结合/未结合的转录因子结合位点 可视化不同条件之内和之间的足迹 有关每种工具的信息，请参见 。 安装 TOBIAS是作为python软件包编写的，可以通过pip快速安装： $ pip install tobias TOBIAS还可以通过Bio

ATAC管 ATAC-seq数据的分析管道 请参阅Manual_for_ATAC-pipe.pdf