荧光差异二维凝胶电泳技术在植物差异蛋白质组学中的应用，吕坤，郑彩霞，蛋白质组学是后基因组时代生物学研究的主要领域之一，由于研究生物体全部蛋白质组的困难大，可行性不高，因此研究蛋白质差异表达

二甲双胍治疗Ⅱ型糖尿病作用机制的代谢组学研究，霍韬光，蔡爽，目的：研究Ⅱ型糖尿病（DM-2）患者及给与降糖药二甲双胍治疗后的患者血清代谢物谱变化，从代谢组学的角度阐述二甲双胍治疗Ⅱ型糖�

麦冬多糖调控肥胖小鼠脂质代谢紊乱的代谢组学研究，王旭，朱云云，目的：本研究基于代谢组学手段探究麦冬多糖MDG-1干预膳食诱导肥胖(Diet-induced obesity, DIO )小鼠脂质代谢紊乱可能的作用机制；方法：36只�

双歧杆菌是益生菌，对人类具有多种促进健康的特性。 益生菌，特别是双歧杆菌的全球市场正在蓬勃发展。 然而，整个市场仍处于起步阶段，因为除了整个细菌细胞外，几乎没有精细产品被开发出来。 代谢组学技术的成熟使研究具有高通量，综合图谱和库的复杂混合物成为可能。 因此，我们认为主要基于液相/气相色谱-质谱（LC / GC-MS）的代谢组学研究在加深双歧杆菌代谢机制的研究中将加深我们的理解。 这些研究可以分三个阶段进行，包括双歧杆菌的非靶向，靶向代谢组学分析以及通过代谢工程和发酵产生的特定代谢产物。 双歧杆菌的代谢组学研究将使我们能够充分探索其代谢机制，并利用有助于人类健康的代谢物。 特别地，双歧杆菌衍生的共轭亚油酸和细菌素是两种可能在未来具有巨大潜力并且可以用作食品添加剂的精细产品。

FragPipe 是一套计算工具的 Java 图形用户界面 (GUI)，能够对基于质谱的蛋白质组学数据进行综合分析。 它由提供- 一种适用于常规和“开放”（宽前体质量耐受性）肽识别的超快蛋白质组学搜索引擎。 FragPipe 包括工具包，用于 MSFragger 搜索结果（PeptideProphet、iProphet、ProteinProphet）的下游后处理、FDR 过滤、基于标签的量化和多实验总结报告生成。 和以帮助解释开放搜索结果。 FragPipe 二进制文件中还包括用于基于 TMT/iTRAQ 同量异位标记量化的 、用于具有运行间匹配 (MBR) 功能的无标签量化的 、SpectraST 和 EasyPQP 谱库构建模块以及 DIA-Umpire SE 模块用于直接分析数据独立采集 (DIA) 数据。 FragPipe 教程 （涵盖所有 FragPipe 模块的通用教程）

测序技术推进科学研究的发展。随着第二代测序技术的迅猛发展，科学界也开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行从头测序（de novo sequencing），获得该物种的参考序列，为后续研究和分子育种奠定基础；对有参考序列的物种，进行全基因组重测序（resequencing），在全基因组水平上扫描并检测突变位点，发现个体差异的分子基础。在转录组水平上进行全转录组测序（whole transcriptome resequencing），从而开展可变剪接、编码序列单核苷酸多态性（cSNP）等研究；或者进行小分子RNA测序（small RNA sequencing），通过分离特定大小的RNA分子进行测序，从而发现新的microRNA分子。在转录组水平上，与染色质免疫共沉淀（ChIP）和甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技术相结合，从而检测出与特定转录因子结合的DNA区域和基因组上的甲基化位点。

CytoSPACE：scRNA-seq数据到空间转录组学数据的最佳映射 CytoSPACE是一种新颖的计算策略，用于在空间转录组（ST）测量可能包含多个细胞的贡献的情况下，将单细胞转录组分配给原位空间转录组数据。 我们的方法通过基于线性编程的优化例程将基于相关的成本函数最小化，从而解决了单个像元/点分配问题。 该存储库包含用于实现和评估我们的方法的代码以及一个应用该方法的案例研究。 我们方法的关键创新是： 与常规方法相比，CytoSPACE在单个细胞水平上解剖给定组织中细胞的空间组织。 由于我们的方法从scRNA测序数据中绘制了单个细胞，与可用的空间转录组学技术相比，每个细胞中都有大量的基因被测序，因此我们的方法显着改善了重建组织的基因覆盖率。 我们的方法不需要有关细胞类型和细胞状态的先验知识。 主要实现是作为Python 3软件包。 要查看SpatialDE的用法示例，请继续

ProteoWizard库和工具是一组模块化且可扩展的开源，跨平台工具和软件库，可促进蛋白质组学数据分析。 这些库通过提供一个健壮的，可插拔的开发框架来实现快速的工具创建，该框架可简化和统一数据文件的访问，并执行标准化学分析和LCMS数据集计算。 核心代码和库受Apache开源许可； 供应商库受各种特定于供应商的许可的约束。 产品特点 HUPO-PSI mzML标准质谱数据格式的参考实现 支持HUPO-PSI mzIdentML 1.1标准质谱分析格式 支持直接从许多供应商原始数据格式中读取（在Windows上） 现代C ++技术和设计原理 具有本机编译器的跨平台（Windows上的MSVC，Linux上的gcc，OSX上的darwin） 模块化设计，可测试性和可扩展性 快速开发数据分析工具的框架 适用于学术和商业项目的开源许可证（Apache v2） 正式建造状态 操作系统 状态

生信-国科大雁栖湖春季课程《使用生物信息学2：多组学数据整合和挖掘》知识点整理

1. 影像获取及标准化︰美国国立卫生研究院(National mitites of Health，NIH)和国家癌症研究院（(MatiomalCace lonsitue ,NCI通过与多个国家医疗机构合作，建立了标准化临床影像数据库，涵盖肺部、脑部、乳腺、前列腺等重要器官; 2. 高通量特征的稳定性:提升机器特征提取算法的准确率，同时可以采取机器和手工相结合的方法，降低机器获取特征的错误率; 3. 特征选择和建模:寻找使用广泛的特征选择和模式识别算法也是未来影像组学发展的趋势之一； 4. 多中心验证:一般我们针对单一机构的小样本探索，所得到的结果缺乏广泛验证，未来的影像组学需要多中心，大样本，随机对照的反复锤炼，这也是解决摸型泛化性不足的一个方案，也是未来研究的发展趋势；