雷霆战机拥有相对独特的武器系统。每架飞机的武器都不同。Xtom和VXmk II使用的是机枪，而Warlock使用的则是攻击力非常强大的激光。在消灭一定数量的敌人，或者消灭boss后飞机会升级。每升一级Xtom和Warlock的武器的杀伤力会得到大幅提高，而VXmk II则会获得一架跟随主机的辅助小飞机。如果飞机被炸，等级也会降一级。最高等级为7级，不过到了7级以后经验值仍然能增加。 蓄能攻击 当玩家按住攻击键不放后，飞机会开始蓄能，持续一段时间后再放开攻击键可以放出攻击力非常强大的能量。 在释放积蓄的能量过程中，按下攻击键可以发射辅助导弹，许多新手玩家并不知道这一点技巧。 重型武器 Xtom和VXmk II都配备有数量有限的重型武器。重型武器可以瞬间消除敌人的所有子弹，因此它是危险时刻的救命法宝。每架飞机可以使用3次重型武器，而消灭某些蓝色飞机后也可以增加重型武器的数量。 辅助导弹 在消灭某些蓝色的飞碟状敌人后，玩家可以捡到辅助导弹。辅助导弹分为跟踪导弹和直线导弹。顾名思义，跟踪导弹可以跟踪，而直线导弹则杀伤力强。在捡到3次辅助导弹后，导弹威力达到顶峰，每次可以发射4颗。

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