讲解 系统发育和系统基因组分析教程集 准备 教程所需的所有安装列表 使用这些教程的一般说明 系统发育推断 多序列比对教程 系统发育分析替代模型选择教程 最大似然系统发育推理教程 时间校准系统发育的贝叶斯推理教程 用化石估计系统发育分歧时间的教程 物种树推断 组装基因组中直向同源物检测教程 基于基因树的最大似然物种树推理教程 时间校准物种树的贝叶斯推理教程 关于从短读长组装单个标记序列的教程 基于四重奏从SNP数据推断物种树的教程 使用 SNP 数据估计发散时间使用 SNP 数据进行贝叶斯散度时间估计的教程 基因渗入的系统基因组学分析 物种网络的贝叶斯分析物种网络的贝叶斯系统发育分析教程 用 SNP 数据分析基因渗入使用 SNP 数据分析杂交和基因渗入的教程 使用染色体长度比对分析基因渗入使用全染色体比对分析杂交和基因渗入的教程 祖先重组图推理 使用 SNP 数据进行全基因组谱系估计通过

为更高效、精确地识别王庄矿后备区裂隙发育方位,基于matlab图像识别技术,对王庄矿91-105工作面煤层进行了裂隙统计与分析,并利用数码拍摄了煤层图像,对其阈值进行二值化,识别出不同地质单元的裂隙参数信息,根据生成的玫瑰花图找出裂隙的优势方位。结果表明,裂隙发育方位主要为NEE和NW 2个方向,与现场所测裂隙发育方位大体走向保持一致,表明裂隙发育方位都有一定的规律可循。

对采自中国东南沿海青蟹属的4种青蟹锯缘青蟹Scylla serrata(Forskal，1775)，紫螯青蟹S．tranquebarica(Fabricius，1798)，榄绿青蟹S．olivacea(Herbst，1796)，拟穴青蟹S．paramamosain(Estampador，1949)的线粒体COI基因片段进行了测定，分析研究了其种间遗传差异及系统发育关系．研究结果显示：4种青蟹在COI基因片段上存在差异，种间序列差异远大于种内差异．青蟹属在我国的优势种与GenBank上的S．paramamo

在水温(22.5±2.50)℃，盐度30～32，pH 7.8～8.3，光照1 000 lx的条件下，分别对切除眼柄和未切除眼柄的台湾海峡日本囊对虾亲虾(平均体长(19.2±0.95)cm，平均体质量(82．7±10.57)g)进行为期30 d的摄食、性腺发育及能量转化的初步研究．结果表明：1)实验组(切除眼柄)日本囊对虾的摄食量与摄食强度均高于对照组(未切除眼柄)，夜间摄食强度分别为白天的1.39倍和1.28倍(p<0.01)；促熟期间实验组亲虾摄食量保持上升之势，而对照组为上升与下降交替出现．2)实验结

PhyloTrack是基于JavaScript的软件工具，该工具将D3.js库（用于数据可视化）与JBrowse工具（用于基因组浏览器表示）集成在一起。 它需要使用普通Newick数据格式的系统树作为输入，以及三个用于样本，进化枝定义节点和进化枝颜色定义的元数据文件-全部以制表符分隔的格式。 PhyloTrack内的功能可在系统发育树的每个节点上显示信息性标记，因此突出了进化枝定义的多态性。 已使用服务器端的tabix工具实现了此功能，从而可以简单快速地访问每个树节点上的信息，包括存储在VCF类似文件中的信息性SNP。 通过使用祖先节点比较和种群分化的FST措施比较菌株类型之间的等位基因频率，已经建立了这些信息丰富的变体。

1. 不同类型序列的多重序列比对 TranslatorX/MAFFT 2. 建树序列的保守区选择（ Gblock 3. 核苷酸饱和度检测（ Xia's test 4. 核苷酸替换模型的选择（ jModeltest/MEGA/ModelFinder 5. 氨基酸替换模型选择（ ProtTest /MEGA/ /ModelFinder 6. NJ 法重建系统发育树 MEGA 7. ML 法重建系统发育树（ MEGA/IQ TREE/RAxML 8. BI 法重建系统发育树（ MrBayes 9. 系统发育树的查看和美化（ Figtree/MEGA

bioinf_2020 教学大纲： 由于时间限制，我们忽略了这些参数：

导入部分： 【情景引入】 乐乐和康康是一对表兄弟，两人同是 5 岁，乐乐长得瘦瘦的，吃饭挑食，不爱吃肉，个子略高。从小 一起长大，而康康长得很壮实，胃口很好，爱吃肉，个子略矮；乐乐动手能力强，插积塑、拼积木，又快又有创意；康康能言会道，描述事物时语言流畅，词汇量丰富，还擅长模仿与表演。乐乐的爸爸和康康的 妈妈是亲兄妹，乐乐爸爸看上去瘦瘦高高的，而康康妈妈却有点矮胖。 你们从乐乐和康康的成长中发现了什么呢？ 基本部分： 一、生长发育的概念 1.人体的基本形态

此文件为MEGA软件的使用教程,简明、清晰、使用图文的方式讲解系统发育树构建方法,为生物学相关专业使用