转录组范围内对经典或替代性活化巨噬细胞的分析 概括 下一代测序(NGS)彻底改变了基于系统的细胞途径分析。 这项研究的目的是比较NGS衍生的人类M1和M2样巨噬细胞分析(RNA-seq)与微阵列和定量逆转录聚合酶链React(qRT-PCR)方法,并建立人类巨噬细胞的高分辨率转录组。 从经典和其他活化的人类巨噬细胞中分离总RNA.mRNA谱图是通过使用Illumina HiSeqSQ对3个供体的M1和M2巨噬细胞进行深度测序而生成的。 通过两种方法在转录亚型水平上分析了通过质量过滤器的序列读数:Casava1.8和TopHat,然后进行袖扣连接。 使用LightCycler和SYBR Green分析法进行qRT-PCR验证。 标题 geo_accession source_name_ch1 有机体_ch1 跑步 SRA_样本 cell_type 团体 M1_1 M1_1 G
2021-12-01 20:56:54 5.79MB HTML
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行业资料-制造说明-作为HCV+RNA复制抑制剂的4‘-叠氮基,3’-氟取代的核苷衍生物.zip
2021-11-29 19:01:19 2.08MB
RED(RNA Editing Detector)是一个使用下一代测序数据在基因组范围内检测和可视化 RNA 编辑事件的程序。 RED 也可以在命令行中使用。 RNA 编辑是转录后或共转录过程之一,从其基因组编码序列中修改 RNA 核苷酸。 在人类中,RNA 编辑事件主要是通过 ADAR 酶将腺苷脱氨基转化为肌苷(A 到 I)而发生的。
2021-11-17 16:47:20 6.48MB 开源软件
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RERun是用于创建核酸片段(限制性酶切,PCR扩增子等)的虚拟琼脂糖电泳凝胶的软件工具。 尽管可以通过一些工作使其在Windows上运行(未记录),但是它是用Perl编写并在Linux上开发的。
2021-10-26 09:08:52 130KB 开源软件
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替代聚腺苷酸化(QAPA)的RNA序列定量 从RNA序列数据(人和小鼠)分析替代聚腺苷酸化(APA)。 QAPA包含两个主要组件: 从基因模型中提取和注释3'UTR序列 基于转录水平丰度计算替代性3'UTR同工型的相对使用量。 请注意,QAPA本身不执行转录本量化。 它依赖于和等其他工具。 安装 QAPA由Python(3.5+)和R脚本组成。 安装以下必备软件: 。 注意:不要使用2.26.0稳定版本,因为groupBy工具存在。 克隆QAPA的最新开发版本并更改目录: git clone https://github.com/morrislab/qapa.git cd qapa 或者,下载最新并解压缩tarball: tar -xzvf qapa-1.2.0.tar.gz cd qapa-1.2.0 安装R软件包optparse,dplyr,data.table和
2021-10-20 15:15:47 2.77MB Python
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CIBERSORT小鼠的免疫特征集
2021-10-13 21:03:14 181KB cibersort R RNA-seq
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RNA序列
2021-10-13 16:03:06 96.67MB RNA序列
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RNA序列
2021-10-13 16:03:05 98.85MB RNA序列
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RNA序列
2021-10-13 16:03:05 48.66MB RNA序列
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RNA序列
2021-10-13 16:03:04 50.62MB RNA序列
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