替代聚腺苷酸化(QAPA)的RNA序列定量
从RNA序列数据(人和小鼠)分析替代聚腺苷酸化(APA)。 QAPA包含两个主要组件:
从基因模型中提取和注释3'UTR序列
基于转录水平丰度计算替代性3'UTR同工型的相对使用量。
请注意,QAPA本身不执行转录本量化。 它依赖于和等其他工具。
安装
QAPA由Python(3.5+)和R脚本组成。
安装以下必备软件:
。 注意:不要使用2.26.0稳定版本,因为groupBy工具存在。
克隆QAPA的最新开发版本并更改目录:
git clone https://github.com/morrislab/qapa.git
cd qapa
或者,下载最新并解压缩tarball:
tar -xzvf qapa-1.2.0.tar.gz
cd qapa-1.2.0
安装R软件包optparse,dplyr,data.table和
2021-10-20 15:15:47
2.77MB
Python
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