GSE36952_RNAseq:检索GSE36952 fastq文件并运行nf-core RNA-seq管道-源码

转录组范围内对经典或替代性活化巨噬细胞的分析 概括 下一代测序（NGS）彻底改变了基于系统的细胞途径分析。 这项研究的目的是比较NGS衍生的人类M1和M2样巨噬细胞分析（RNA-seq）与微阵列和定量逆转录聚合酶链React（qRT-PCR）方法，并建立人类巨噬细胞的高分辨率转录组。 从经典和其他活化的人类巨噬细胞中分离总RNA.mRNA谱图是通过使用Illumina HiSeqSQ对3个供体的M1和M2巨噬细胞进行深度测序而生成的。 通过两种方法在转录亚型水平上分析了通过质量过滤器的序列读数：Casava1.8和TopHat，然后进行袖扣连接。 使用LightCycler和SYBR Green分析法进行qRT-PCR验证。 标题 geo_accession source_name_ch1 有机体_ch1 跑步 SRA_样本 cell_type 团体 M1_1 M1_1 G