该软件包包括BBMap,短读对齐器以及其他各种生物信息学工具。 它是用纯Java编写的,可以在任何平台上运行,除了要安装的Java(针对Java 6及更高版本编译)以外,没有其他依赖项。 所有工具都是高效和多线程的。 BBMap:用于DNA和RNA序列数据的短读比对仪。 能够处理具有数百万个支架的任意大基因组。 处理Illumina,PacBio,454和其他读取; 极高的灵敏度和对错误的容忍度以及众多的indel。 非常快。 BBNorm:基于Kmer的纠错和归一化工具。 重复数据删除:通过删除重复或包含相同目标百分比同一性的子序列来简化程序集。 重新格式化:以超过500 MB / s的速度重新格式化fasta / fastq / scarf / fasta + qual / sam,交错/成对和ASCII-33 / 64之间的读取。 BBDuk:过滤器,修剪或遮罩,将与kmer匹配的读数与伪影/污染物文件匹配。 ...和更多!
2021-10-18 11:33:05 10.03MB 开源软件
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