BBMap:BBMap短读对齐器和其他生物信息学工具。-开源

该软件包包括BBMap，短读对齐器以及其他各种生物信息学工具。 它是用纯Java编写的，可以在任何平台上运行，除了要安装的Java（针对Java 6及更高版本编译）以外，没有其他依赖项。 所有工具都是高效和多线程的。 BBMap：用于DNA和RNA序列数据的短读比对仪。 能够处理具有数百万个支架的任意大基因组。 处理Illumina，PacBio，454和其他读取； 极高的灵敏度和对错误的容忍度以及众多的indel。 非常快。 BBNorm：基于Kmer的纠错和归一化工具。 重复数据删除：通过删除重复或包含相同目标百分比同一性的子序列来简化程序集。 重新格式化：以超过500 MB / s的速度重新格式化fasta / fastq / scarf / fasta + qual / sam，交错/成对和ASCII-33 / 64之间的读取。 BBDuk：过滤器，修剪或遮罩，将与kmer匹配的读数与伪影/污染物文件匹配。 ...和更多！