FragPipe 是一套计算工具的 Java 图形用户界面 (GUI)，能够对基于质谱的蛋白质组学数据进行综合分析。 它由提供- 一种适用于常规和“开放”（宽前体质量耐受性）肽识别的超快蛋白质组学搜索引擎。 FragPipe 包括工具包，用于 MSFragger 搜索结果（PeptideProphet、iProphet、ProteinProphet）的下游后处理、FDR 过滤、基于标签的量化和多实验总结报告生成。 和以帮助解释开放搜索结果。 FragPipe 二进制文件中还包括用于基于 TMT/iTRAQ 同量异位标记量化的 、用于具有运行间匹配 (MBR) 功能的无标签量化的 、SpectraST 和 EasyPQP 谱库构建模块以及 DIA-Umpire SE 模块用于直接分析数据独立采集 (DIA) 数据。 FragPipe 教程 （涵盖所有 FragPipe 模块的通用教程）

从外网获得的 AutoIt3 的 chrome 浏览器驱动，按照压缩包中的说明进行安装即可开发。注意 chrome 浏览器从 79 版本之后就不再支持拖拽安装 crx 插件，所以需要使用较低版本的 chrome 浏览器（不低于版本 29）。目前支持 xp 和 win7 平台。

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