蛋白质-配体相互作用分析仪（PLIP）
轻松分析3D结构中的非共价蛋白-配体相互作用。
用例
码头工人
奇点
Python模块
“我想分析我的蛋白质-配体复合物！”
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“我想分析十亿个蛋白质-配体复合物！”
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“我喜欢Linux命令行，并希望围绕PLIP构建工作流程！”
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“我是一名Python程序员，想在我的项目中使用PLIP！”
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快速开始
码头工人
如果已安装Docker，则可以使用以下shell命令对结构1vsn运行PLIP分析：
在Linux / MacOS上：
2021-10-11 09:33:43
7.72MB
1
探索图注意力网络架构和图卷积架构以对蛋白质-蛋白质相互作用数据集中的节点进行分类。 在pytorch中实现。
如何运行：
安装requirements.txt中所述的requirements.txt
要运行火车脚本，请使用以下命令：
python train.py --model_type=<'GAT' for Graph Attention Network, 'GCN' for Graph Convolution network architecture>
--input_dir=
--output_dir=<dir to save the model, e.g. 'saved_mo
2021-09-27 17:24:00
8.49MB
1
2019_2020学年高中化学第4章生命中的基础有机化学物质第3节蛋白质和核酸练习新人教版选修5
2021-09-09 17:00:40
2.55MB
行业分类-外包设计-用于将蛋白质递送至眼睛的缓释制剂及其制备方法.zip
2021-09-02 18:05:59
1.41MB
单细胞-rcc-管道
用于分析手稿“单细胞 VIPER 识别复发相关肾肿瘤巨噬细胞”的单细胞 ccRCC 数据的数据文件和代码。 包括手稿中使用的 VIPER 单细胞蛋白质活性推理管道的代码。
“singlecell_gex_viper_analysis.R”包含将基因表达聚类作为第一步的单细胞 ARACNe/VIPER 管道、新颖的聚类算法（通过二次采样轮廓评分选择最佳分辨率的 louvain）、用于细胞类型识别的 singleR 和 InferCNV。 ARACNe 在逐个患者的基因表达簇元细胞上运行，而 metaVIPER 与所有患者衍生的 ARACNe 网络一起运行，并在所有患者中结合批量校正的元细胞基因表达特征，使用 Seurat SCTransform Pipeline 计算。 脚本包括基因表达和 VIPER 级聚类、差异表达和受体配体推断的代码，结合所有 scRNASeq
2021-09-01 10:58:54
762.89MB
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