single-cell-rcc-pipeline:数据文件和用于分析手稿“透明细胞肾癌中的肿瘤特异性细胞群与使用单细胞蛋白质活性推断确定的临床结果相关的单细胞 ccRCC 数据”的代码。包括 VIPER 蛋白质活性推断管道的代码-源码

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单细胞-rcc-管道用于分析手稿“单细胞 VIPER 识别复发相关肾肿瘤巨噬细胞”的单细胞 ccRCC 数据的数据文件和代码。包括手稿中使用的 VIPER 单细胞蛋白质活性推理管道的代码。 “singlecell_gex_viper_analysis.R”包含将基因表达聚类作为第一步的单细胞 ARACNe/VIPER 管道、新颖的聚类算法（通过二次采样轮廓评分选择最佳分辨率的 louvain）、用于细胞类型识别的 singleR 和 InferCNV。 ARACNe 在逐个患者的基因表达簇元细胞上运行，而 metaVIPER 与所有患者衍生的 ARACNe 网络一起运行，并在所有患者中结合批量校正的元细胞基因表达特征，使用 Seurat SCTransform Pipeline 计算。脚本包括基因表达和 VIPER 级聚类、差异表达和受体配体推断的代码，结合所有 scRNASeq

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