单细胞-rcc-管道
用于分析手稿“单细胞 VIPER 识别复发相关肾肿瘤巨噬细胞”的单细胞 ccRCC 数据的数据文件和代码。 包括手稿中使用的 VIPER 单细胞蛋白质活性推理管道的代码。
“singlecell_gex_viper_analysis.R”包含将基因表达聚类作为第一步的单细胞 ARACNe/VIPER 管道、新颖的聚类算法(通过二次采样轮廓评分选择最佳分辨率的 louvain)、用于细胞类型识别的 singleR 和 InferCNV。 ARACNe 在逐个患者的基因表达簇元细胞上运行,而 metaVIPER 与所有患者衍生的 ARACNe 网络一起运行,并在所有患者中结合批量校正的元细胞基因表达特征,使用 Seurat SCTransform Pipeline 计算。 脚本包括基因表达和 VIPER 级聚类、差异表达和受体配体推断的代码,结合所有 scRNASeq
2021-09-01 10:58:54
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