TCGA数据集是转录组分析常用的数据库,从数据库中获取相应的数据集之后进行数据清洗过程相对麻烦,但同时也是最关键的一步,本资源是零基础入门转录组分析——数据处理(TCGA数据库)教程中配套的代码+原始数据+最终处理好的数据。 零基础入门转录组分析——数据处理(TCGA数据库)教程链接:https://blog.csdn.net/weixin_49878699/article/details/135373467?csdn_share_tail=%7B%22type%22%3A%22blog%22%2C%22rType%22%3A%22article%22%2C%22rId%22%3A%22135373467%22%2C%22source%22%3A%22weixin_49878699%22%7D
2024-08-02 17:33:49 414.6MB 课程资源 R语言 原始数据
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数据中中包含了大量对图像分割没有意义的数据,因此这里对原始数据集进行有效数据的提取。并且将有效数据集再次进行训练集 + 测试集的划分 注:log 训练文件较大,为了方便上传,这里删去不重要的train结果
2023-03-11 15:32:12 816.96MB 人工智能 深度学习
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33种TCGA肿瘤的拷贝数GISTIC2.0分析结果 单价29.9元,付款后私信给博主,博主分享网盘链接。
2022-12-23 15:17:27 31KB GISTIC2.0 生物信息学 拷贝数变异
TCGA – KICH 癌症 CT 影像是腺瘤和腺癌相关的数据集,其包含来自 113 人共 2325 个数据文件,该数据集旨在对癌症诊治过程进行全程数字化跟踪,并以数字档案的形式记录检查结果、处方和疗效。 该数据集由 GDC Data Portal 发布。
2022-07-13 11:05:21 1.62GB 数据集
PythonProject_DataPrep 用于准备 TCGA 数据以进行分析的 Python。 概括: combineMeth.py 和 combineExpr.py 可用于组合从 TCGA 下载的表达和甲基化数据。 只需在名为“data”(如代码中所写)的单独文件夹中包含所有 TCGA 数据的目录中运行代码。 如果您有一个不同名称的文件夹,或者您没有将所有数据放在单独的文件夹中,那么您可以在代码中进行相应的更改。 笔记: 如果您收到以下错误:“AttributeError: NoneType object has no attribute group”,则很可能是由于 TCGA 数据不同,正则表达式匹配存在问题。
2022-01-30 01:46:50 4KB Python
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TCGA-KICH 癌症CT影像数据,旨在对各种类型的癌症诊治过程进行全程数字化的跟踪,以数字档案的形式记录检查结果、处方和疗效。
2021-12-21 15:43:45 1.62GB CT影像 医疗数据 智慧医疗 机器视觉
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一、GDCRNATools包下载 首先下载R包 if (!requireNamespace(BiocManager, quietly = TRUE)) install.packages(BiocManager) BiocManager::install(GDCRNATools) 下载好之后运行,以COAD数据为例,下载: library(GDCRNATools) gdcRNADownload(project.id = TCGA-COADREAD, data.type = RNAseq, write.ma
2021-11-05 00:12:56 25KB tcga 大数据 数据
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TCGAbiolinks:TCGAbiolinks
2021-11-01 10:58:36 6.38MB r tcga bioc bioconductor
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同源重组缺陷 “我们根据之前公布的 HRD/基因组瘢痕评分的 3 个组成部分计算 HRD 评分:HRD-LOH(Abkevich 等人,2012 年)、LST(Popova 等人,2012 年)、NtAI(Birkbak 等人,2012 年)和实施三者之和(Marquard 等人,2015 年)。” -克宁堡(Knijnenburg)等 2019 年 6 月 6 日上午 10:12 从下载的分数。 然后将它们与可从以下获得的 PanCancer Atlas 临床数据相结合: : 。 基因表达数据可从以下下载: : 人力资源开发分数 来自 Knijnenburg 等人的 HRD 评分可用于 33 种癌症类型的 9125 个样本。 8602 份样本来自原发性实体瘤,162 份来自原发性血液来源的癌症 - 外周血,361 份来自mets。 所有 162 例原发性血源性癌症 - 外周血样本
2021-10-26 18:12:45 8.17MB HTML
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自己编写程序,对TCGA的临床信息进行整理和提取,便于做生存分析
2021-10-06 23:05:04 171KB TCGA 临床信息 生存分析
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