GSEApy
GSEApy:Python中的基因集富集分析。
有关使用GSEApy的示例,请单击此处:
发行说明: :
常见问题解答:
GSEApy是GSEA和包装器Enrichr Python实现。
GSEApy可用于RNA序列,ChIP序列,微阵列数据。 它可用于方便的GO富集并以python生成出版物质量数据。
GSEApy有六个可用的子命令: gsea , prerank , ssgsea , replot enrichr , biomart 。
gsea:
gsea模块产生GSEA结果。 输入以gmt格式查询txt文件(FPKM,预期计数,TPM等),cls文件和gene_sets文件。
预排名:
prerank模块产生预排名工具结果。 输入期望以.rnk格式提供的具有相关值的预排序基因列表数据集,并以gmt格式提供gene_sets文件。 prer
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