KEGG工具 一组用于下载和处理KEGG数据库的工具 介绍 KEGG是研究某些生物的蛋白质功能和代谢途径的重要数据库，但是KEGG数据库中的序列不能免费下载。 开发KEGGTools就是为了解决这个问题。 要求 Python 3.5+ 安装 git git clone https://github.com/FlyPythons/KEGGTools.git 或下载 wget https://github.com/FlyPythons/KEGGTools/archive/master.zip unzip mater.zip 例子 下载KEGG数据库 从KEGG下载KEGG生物的信息 python3 download_organism.py --url http://www.kegg.jp/kegg/catalog/org_list.html --out KEGG.org 这将从KEGG

简介 KEGG数据库简介全文共28页，当前为第1页。 产生的背景 如何借助计算机全面地展示细胞和生物所包含的生物学信息是后基因组时代的重大挑战之一。科学家期望能够根据基因组中的信息，用计算机计算或者预测出比较复杂的细胞中的通路或者生物的复杂行为。出于这个目的，日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立了生物信息学 数据库KEGG。 KEGG数据库简介全文共28页，当前为第2页。 特点 KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功能关联起来是KEGG数据库的特色之一。 人工创建了一个知识库，这个知识库是基于使用一种可计算的形式捕捉和组织实验得到的知识而形成的系统功能知识库。它是一个生物系统的计算机模拟。 与其他数据库相比，KEGG 的一个显著特点就是具有强大的图形功能，它利用图形而不是繁缛的文字来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系，这样可以使研究者能够对其所要研究的代谢途径有一个直观全面的了解。 KEGG数据库简介全文共28页，当前为第3页。 用途 各个数据库中包

KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是由日本京都大学和东京大学联合开发 的数据库,可以用来查询代谢途径,酶(或编码酶的基因),产物等,也可以通过 BLAST 比对 查询未知序列的代谢途径信息。KEGG 主要通过 Web 界面进行访问,同样也可以通过本地运行 的 Perl 或 java 程序进行访问,使用很方便。 本教程将结合实例来介绍 KEGG 数据库的使用方法,希望能您能通过本教程了解 KEGG 数 据库的基 本使用 方法。

生物信息学代谢通路数据库，用于生物信息学功能分析，有助于了解生物代谢途径。