KEGG工具
一组用于下载和处理KEGG数据库的工具
介绍
KEGG是研究某些生物的蛋白质功能和代谢途径的重要数据库,但是KEGG数据库中的序列不能免费下载。 开发KEGGTools就是为了解决这个问题。
要求
Python 3.5+
安装
git
git clone https://github.com/FlyPythons/KEGGTools.git
或下载
wget https://github.com/FlyPythons/KEGGTools/archive/master.zip
unzip mater.zip
例子
下载KEGG数据库
从KEGG下载KEGG生物的信息
python3 download_organism.py --url http://www.kegg.jp/kegg/catalog/org_list.html --out KEGG.org
这将从KEGG
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