芯片序列分析 Snakemake管道 我开发了一个基于Snakemake的ChIP-seq管道： 。 和ATACseq管道： ChIP-seq的资源 ： ：来自ENCODE的元数据的汇编。 一个bioc包，用于访问ENCODE的元数据并下载原始文件。 论文： 。 序列为.sra格式，需要使用sratools转储到fastq中。 。 序列以fastq格式提供。 用于核小体定位和TF ChIP-seq的工具和论文的集合 评论文章：解密ENCODE EpiFactors是一个表观遗传因子，相应的基因和产物的数据库。 生物明星手册。 我的ChIP-seq章节将于2017年4月发布！ ReMap 2018对法规区域的综合ChIP-seq分析。 ReMap地图集包含来自公共数据集的485个转录因子（TF），转录共激活因子（TCA）和染色质重塑因子（CRF）的8000万个峰。 可以浏览或

Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)

Chip-seq流程详解

SUPERmerge是一种ChIP-seq读取堆积分析和注释算法，用于以单个碱基对的分辨率水平研究具有较宽染色质域的弥散组蛋白修饰ChIP-seq数据集的比对（BAM）文件。 SUPERmerge允许灵活调节各种读取堆积参数，从而揭示读取岛如何聚集到整个基因组的覆盖区域，以及它们在单个生物复制物中映射到的注释特征。 SUPERmerge对于研究低样本量的ChIP-seq实验特别有用，在该实验中，表观遗传组蛋白修饰（例如H3K9me1，H3K27me3）产生固有的宽峰，信号富集的扩散范围跨越多个连续的基因组位点和带注释的特征。