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R语言并行计算RC~bray-curtis~距离
群落构建分析是
微生物生态学
分析的重要组成部分,成为目前文章发表的热点技术。之前我们介绍了计算beta-NTI(beta nearest taxon index)来进行群落构建分析。|beta-NTI| >2说明决定性过程主导,其中beta-NTI >2说明OTU的遗传距离发散,为生物交互作用主导,beta-NTI < -2则说明OUT的遗传距离收敛为环境选择主导。|beta-NTI| <2则说明随机过程主导,但随机过程包含遗传漂变、扩散限制和均质扩散,那么如何对随机过程进一步划分呢?
2022-02-13 19:04:37
182KB
r语言
构建过程
微生物生态学
根据代表性序列预测OTU/ASV生活史策略——寡营养型or富营养型
丰富的资源会促进细菌的生长,特别是富营养型细菌的生长。快速的生长需要大量的核糖体,富营养性细菌会持有更多的核糖体RNA操纵子(number of ribosomal RNA operons, rrn)。我们可以根据核糖体RNA操纵子的数目来对寡营养型和富营养型细菌进行区分,而且核糖体RNA操纵子的数目在16srRNA序列上保守,因此我们可以通过分类信息对核糖体RNA操纵子数进行预测,进而对其生活史策略进行推断。
2022-02-13 19:04:36
155.34MB
核糖体RNA操纵子
微生物生态学
生活史策略
R语言
《
微生物生态学
原理》PPT课件.ppt
《
微生物生态学
原理》PPT课件.ppt
2022-01-05 18:04:54
3.22MB
教学
R语言并行计算beta多样性零偏差值.zip
群落构建分析是
微生物生态学
分析重要的组成部分,成为目前文章发表的热点技术。之前我们介绍了计算beta-NTI(beta nearest taxon index)来进行群落构建分析,但利用beta-NTI推测群落构建有一个前提条件,即系统发育树必须要有遗传信号(phylogenetic signal),但某些功能基因(例如nifH)的遗传发育树往往缺乏遗传信号,此时我们可以计算beta多样性的零偏差来进行群落构建分析。本文包括如下三方面内容,1、如何理解beta多样性零偏差?2、如何计算beta多样性零偏差?3.多核运行可以省多少时间?
2021-12-30 19:03:47
380KB
微生物生态学分析
群落构建
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