Matlab代码sqrt
对数正态泊松回归模型
运行Hess等人的对数正态泊松回归模型的代码。
2019,“癌症中的乘客热点突变”()
此仓库中有什么?
该存储库包含用于运行贝叶斯对数正态泊松(LNP)回归的MATLAB函数。
我们包括代码,既可以通过MCMC从模型参数的后验分布中进行采样,也可以计算给定一组后验样本(即,计算后验预测p值)的计数的统计显着性。
前述功能适用于对通用计数数据进行建模,而不特定于对体细胞突变计数进行建模。
为此,我们还包括处理Hess等人分析的特定体细胞突变调用的功能。
附带的工具
要对原始计数/协变量数据运行回归,请使用src/regr/pois_LN_reg.m
(请参阅demo.m或本自述文件中的)
该工具根据LNP参数(μ,τ,β)的后验分布生成样本。
它不能识别明显的外围计数。
要计算重要性(即LNP后验预测p值),请使用src/regr/regr_post_pred.m
要对手稿中分析的体细胞突变调用运行模型,请使用包装器脚本src/pois_LN_reg_wrapper.m
。
当前,它仅用于处理该手稿特定格式的调用,该调用由生成该手稿的输出
2022-07-10 10:11:08
115KB
系统开源
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