概述 EggNOG-mapper是一种用于对新序列进行快速功能注释的工具。 它使用来自eggNOG数据库（ ）的预先计算的直系同源基因组和系统发育树，仅从细粒度直系同源基因中转移功能信息。 eggNOG-mapper的常见用途包括注释新的基因组，转录组甚至宏基因组基因目录。 使用正交预测作为功能注释的方法比传统的同源搜索（即BLAST搜索）具有更高的精度，因为它避免了从紧密的旁系同源物转移注释（重复的基因更有可能参与功能差异）。 将不同的eggNOG-mapper选项与BLAST和InterProScan进行比较的基准。 EggNOG-mapper也可以作为公共在线资源获得： ://eggnog-mapper.embl.de 文献资料 引文 如果您使用此软件，请引用： [1] Fast genome-wide functional annotation through orth

DomFun DomFun是使用系统方法将功能分配给未知蛋白质的新系统，而无需考虑其序列但其功能域与功能系统相关联。 它使用在蛋白质结构域和功能注释之间计算的关联作为训练数据集，并通过查找蛋白质的结构域以及它们是否已与功能注释（在GO分子功能，生物学过程，KEGG和Reactome途径术语中）相关联，对蛋白质进行预测（使用UniProt标识符）。 ）。 安装 将此行添加到您的应用程序的Gemfile中： gem 'DomFun' 然后执行： $ bundle 或自己安装为： $ gem install DomFun 用法 要使用DomFun，有必要计算蛋白质结构域和功能注释之间的关联。 为此，请使用NetAnalyzerRubygem（ ），选择最适合您数据的关联索引。 一旦计算出这些关联，它们将用于训练DomFun并预测一组功能未知的蛋白质（赋予UniProt标识符）。 在

Parallel-META 2.0：具有功能注释，高性能计算和高级可视化功能的增强型元基因组数据分析

摘要：随着测序技术进步和测序成本下降，越来越多的基因组项目得以启动并相继完成，生物领域科研人员对基因组注释信息自动化管理及可视化展示的需求越来越迫切。本文针对基因组注释信息维护和使用的需要，设计并开发了基因组注释管理系统。该系统采用当前流行的MVC设计模式，使用Django技术，利用Python、JavaScript、Html5以及CSS3语言进行开发。它可以利用用户上传的基因组序列和gff3注释文件自动化生成CDS序列、蛋白质序列以及功能注释信息等，并支持Blast序列相似性搜索、基因ID和注释功能关键词搜索。经过测试，该系统性能稳定，能满足用户的基本需求。 关键词：基因组注释；基因结构维护；可视化展示；功能注释

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网络上的Matrix运算库繁多，但有很多功能不够完整，或缺少注释，给使用者带来不少麻烦。该函数库是我搜集到的比较全面的矩阵运算库，而且附带引自清华大学bbs上的函数功能注释，使用方便。 内容包括： Matrix.cpp 执行文件 Matrix.h 头文件 【matrix头文件声明注释】.txt 函数注释说明文件 亲测vs2010下可用 如果涉及到大型稀疏矩阵的运算可以参照我的另一个suitesparse资源