Seurat-to-RNA-Velocity:将Seurat对象与RNA Velocity结合使用的指南-源码
苏拉特对RNA的速度
罗勒·库德（Basil Khuder）
介绍
本指南将演示如何结合RNA Velocity分析使用已处理/标准化的Seurat对象。 请记住，尽管Seurat是基于R的，但是所有可用的RNA Velocity软件/软件包都是Python，因此我们将在两者之间来回移动。 我们将使用以下程序：
scVelo （用于RNA速度）
Velocyto或Kallisto Bustools （产生我们最初的RNA Velocity Object）
Anndata （用于操纵我们的RNA Velocity对象）
苏拉特
Samtools-可选（Velocyto将在未排序的.bam上运行Samtools排序）
生成Loom文件
首先，我们将为您在Seurat分析中使用的每个单细胞样本生成织机文件（一种为基因组数据集（例如单细胞）设计的文件格式）。 织机文件不同于您在Seura
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资源详情
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