苏拉特对RNA的速度
罗勒·库德(Basil Khuder)
介绍
本指南将演示如何结合RNA Velocity分析使用已处理/标准化的Seurat对象。 请记住,尽管Seurat是基于R的,但是所有可用的RNA Velocity软件/软件包都是Python,因此我们将在两者之间来回移动。 我们将使用以下程序:
scVelo (用于RNA速度)
Velocyto或Kallisto Bustools (产生我们最初的RNA Velocity Object)
Anndata (用于操纵我们的RNA Velocity对象)
苏拉特
Samtools-可选(Velocyto将在未排序的.bam上运行Samtools排序)
生成Loom文件
首先,我们将为您在Seurat分析中使用的每个单细胞样本生成织机文件(一种为基因组数据集(例如单细胞)设计的文件格式)。 织机文件不同于您在Seura
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