pychopper:识别，定向，修剪和拯救全长cDNA读物的工具-源码

斩波器 Pychopper v2是识别，定向和修剪全长Nanopore cDNA读物的工具。 该工具还可以挽救融合的读物。 背景 Pychopper v2的一般方法如下： Pychopper首先在整个序列长度上鉴定引物的比对命中。 这样做的默认方法是将nhmmscan与nhmmscan随附的预训练的特定于链的配置文件HMM一起使用。 或者，可以使用edlib后端，该后端使用全局和局部比对的组合来识别读物中的引物。 在通过任一后端识别引物命中后，将读数分为两个连续的引物命中所定义的片段。 如果侧翼引物命中的构型有效（例如， SPP,-VNP用于正向读取） SPP,-VNP则片段的分数为其长度SPP,-VNP否则为零。 使用动态编程算法将片段分配给拯救的读段，该算法将使用的片段得分的总和最大化（因此，拯救的碱基数量）。 关于该算法的一个重要观察结果是，如果将一个片段包括为抢救读物，则必