CEGMA_v2:我们用于检测真核基因组中核心基因的软件的最终版本 2-源码

CEGMA v2.5 自述文件 发布时间：2014-05-19 内容 A. 什么是 CEGMA？ B. 安装 CEGMA C. 文件列表 D. 编制 CEGMA E. 运行 CEGMA F. 作者和帮助 G. 引用 CEGMA A. 什么是 CEGMA？ CEGMA（核心真核基因图谱方法）是一种用于在几乎任何真核基因组中构建一组高度可靠的基因注释的管道。 该策略依赖于一个简单的事实：一些高度保守的蛋白质基本上在所有真核基因组中都被编码。 我们使用 KOGs 数据库来构建一组这些高度保守的普遍存在的蛋白质。 我们定义了一组 458 个核心蛋白，以及 CEGMA 协议，以在新基因组中找到核心蛋白的直向同源物并确定它们的外显子-内含子结构。 本地版本的 CEGMA 可以安装在 UNIX 平台上，它需要预先安装 Perl、NCBI BLAST+、HMMER、GeneWise 和gene