smcpp:SMC ++从全基因组序列数据推断种群历史-源码

SMC ++是一个用于从整个基因组序列数据估算种群大小历史的程序。 内容 遇到麻烦该怎么办 档案格式 输入数据格式 输出数据格式 快速入门指南 请遵循安装说明。 使用vcf2smc将您的VCF转换为SMC ++输入格式： $ smc++ vcf2smc my.data.vcf.gz out/chr1.smc.gz chr1 Pop1:S1,S2 此命令将解析样本S1和S2的重叠群chr1数据，样本S1和S2是总体Pop1成员。 您应该为数据集中的每个独立重叠群运行一次，从而为每个重叠群生成一个SMC ++输出文件。 使用估计值拟合模型： $ smc++ estimate -o analysis/ 1.25e-8 out/example.chr*.smc.gz 第一个强制性参数1.25e-8是每代的突变率。 其余参数是在上一步中生成的数据文件。 根据样本量和您的机器，安装过程应在