clustering-traj:接收分子动力学或蒙特卡洛轨迹并执行团聚聚类以对相似结构进行分类的Python脚本

上传者: 42099151 | 上传时间: 2022-11-19 05:15:47 | 文件大小: 199KB | 文件类型: ZIP
聚类轨迹 该Python脚本接收分子动力学或Monte Carlo轨迹(.pdb,.xyz或OpenBabel支持的任何格式),使用Kabsch算法找到结构之间的最小RMSD,并执行聚集聚类(一种无监督的机器学习),以对相似的构象进行分类。 该脚本是在考虑到Python 3的情况下开发的,但是,鉴于所有库均可用,它也应在Python 2.7中工作。 脚本要做的是计算轨迹的每个配置之间的距离(使用最小RMSD),建立一个距离矩阵(以压缩形式存储)。 请注意,计算距离矩阵可能需要一些时间,具体取决于您的轨迹多长时间以及每种配置中有多少原子。 距离矩阵也可以从文件中读取(使用-i选项),以避免每次您要更改链接方法(使用-m )或聚类的距离时重新计算该距离矩阵。 依存关系 该实现依赖于几个库,因此在运行脚本之前,请确保已在Python发行版中安装了所有库。 当前,需要以下库: 我们建议使用 P

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